+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ngl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of rat neuronal nitric oxide synthase heme domain in complex with (R)-6-(3-fluoro-5-(2-(pyrrolidin-2-yl)ethyl)phenethyl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain | ||||||
キーワード | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor complex heme enzyme / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / positive regulation of sodium ion transmembrane transport ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide / nitric oxide metabolic process / postsynaptic specialization, intracellular component / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ion homeostasis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / calyx of Held / behavioral response to cocaine / negative regulation of serotonin uptake / regulation of neurogenesis / nitric-oxide synthase (NADPH) / sodium channel regulator activity / response to vitamin E / regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density, intracellular component / negative regulation of insulin secretion / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / multicellular organismal response to stress / xenobiotic catabolic process / arginine catabolic process / NADPH binding / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / sarcoplasmic reticulum membrane / T-tubule / cellular response to epinephrine stimulus / : / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / response to nutrient levels / potassium ion transport / response to hormone / sarcoplasmic reticulum / secretory granule / response to activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / cell periphery / female pregnancy / phosphoprotein binding / response to lead ion / response to nicotine / establishment of protein localization / cellular response to mechanical stimulus / vasodilation / response to organic cyclic compound / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / Z disc / response to estrogen / calcium-dependent protein binding / calcium ion transport / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / FMN binding / ATPase binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / nuclear membrane / response to heat / scaffold protein binding / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / calmodulin binding / postsynaptic density / cytoskeleton / response to hypoxia / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019 タイトル: Optimization of Blood-Brain Barrier Permeability with Potent and Selective Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors Having a 2-Aminopyridine Scaffold. 著者: Do, H.T. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ngl.cif.gz | 372.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ngl.ent.gz | 301.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ngl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ngl_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6ngl_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ngl_validation.xml.gz | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ngl_validation.cif.gz | 53.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/6ngl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/6ngl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ng1C 6ng2C 6ng4C 6ng5C 6ng6C 6ng7C 6ng8C 6ngaC 6ngbC 6ngcC 6ngdC 6ngeC 6ngfC 6nghC 6ngiC 6ngjC 6ngkC 6ngmC 6ngnC 6ngpC 6ngqC 6ngrC 6ngsC 6ngtC 6nguC 6ngvC 6ngwC 6ngxC 6ngyC 6ngzC 6nh0C 6nh1C 6nh2C 6nh3C 6nh4C 6nh5C 6nh6C 6nh7C 6nh8C 6nhbC 6nhcC 6nhdC 6nheC 6nhfC 1om4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48812.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nos1, Bnos / 器官: brain / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH) |
---|
-非ポリマー , 6種, 472分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % / 解説: bricks |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20-24% PEG3350, 0.1M MES 0.14-0.20M AMMONIUM ACETATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 30uM SDS, 5 mM GSH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月4日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→67 Å / Num. obs: 84788 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 2.642 / Num. unique obs: 4430 / CC1/2: 0.565 / Rpim(I) all: 1.773 / Rsym value: 2.642 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1OM4 解像度: 1.83→66.134 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 31.7
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→66.134 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|