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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nh4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 6-(3-fluoro-5-(2-((2R,4S)-4-fluoropyrrolidin-2-yl)ethyl)phenethyl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
要素 | Endothelial nitric oxide synthase splice variant eNOS13A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor complex heme enzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / tetrahydrobiopterin metabolic process / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / tetrahydrobiopterin metabolic process / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / response to fluid shear stress / negative regulation of biomineral tissue development / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / aortic valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / cadmium ion binding / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of platelet activation / actin monomer binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / nitric oxide mediated signal transduction / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / endothelial cell migration / L-arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of blood pressure / regulation of sodium ion transport / response to hormone / nitric oxide metabolic process / eNOS activation / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / nitric oxide biosynthetic process / homeostasis of number of cells within a tissue / removal of superoxide radicals / lung development / cell redox homeostasis / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / blood vessel diameter maintenance / VEGFR2 mediated vascular permeability / mitochondrion organization / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / establishment of localization in cell / caveola / potassium ion transport / regulation of blood pressure / vasodilation / positive regulation of angiogenesis / endocytic vesicle membrane / calcium ion transport / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to heat / scaffold protein binding / angiogenesis / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / response to lipopolysaccharide / in utero embryonic development / cytoskeleton / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Chreifi, G. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019タイトル: Optimization of Blood-Brain Barrier Permeability with Potent and Selective Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors Having a 2-Aminopyridine Scaffold. 著者: Do, H.T. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 6nh4.cif.gz | 679.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb6nh4.ent.gz | 562.7 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 6nh4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nh4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 6ng1C ![]() 6ng2C ![]() 6ng4C ![]() 6ng5C ![]() 6ng6C ![]() 6ng7C ![]() 6ng8C ![]() 6ngaC ![]() 6ngbC ![]() 6ngcC ![]() 6ngdC ![]() 6ngeC ![]() 6ngfC ![]() 6nghC ![]() 6ngiC ![]() 6ngjC ![]() 6ngkC ![]() 6nglC ![]() 6ngmC ![]() 6ngnC ![]() 6ngpC ![]() 6ngqC ![]() 6ngrC ![]() 6ngsC ![]() 6ngtC ![]() 6nguC ![]() 6ngvC ![]() 6ngwC ![]() 6ngxC ![]() 6ngyC ![]() 6ngzC ![]() 6nh0C ![]() 6nh1C ![]() 6nh2C ![]() 6nh3C ![]() 6nh5C ![]() 6nh6C ![]() 6nh7C ![]() 6nh8C ![]() 6nhbC ![]() 6nhcC ![]() 6nhdC ![]() 6nheC ![]() 6nhfC ![]() 5ad7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
| #1: タンパク質 | 分子量: 49345.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: endothelial / プラスミド: pCWori / 発現宿主: ![]() |
|---|
-非ポリマー , 9種, 647分子 
















| #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-KLA / #4: 化合物 | ChemComp-BTB / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-GD / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
|---|
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: rods |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12-15% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 mM TCEP |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日 / 詳細: mirrors |
| 放射 | モノクロメーター: graphie / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.27→70 Å / Num. obs: 84909 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rpim(I) all: 0.174 / Rsym value: 0.251 / Net I/σ(I): 6 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.27→2.33 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.648 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3853 / CC1/2: 0.277 / Rpim(I) all: 1.244 / Rsym value: 1.648 / % possible all: 83.8 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成開始モデル: 5AD7 解像度: 2.27→39.975 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→39.975 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
米国, 1件
引用
































































PDBj













