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万見
- PDB-6mux: The structure of the Plasmodium falciparum 20S proteasome in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mux
タイトルThe structure of the Plasmodium falciparum 20S proteasome in complex with one PA28 activator
要素
  • (20S proteasome alpha- ...) x 7
  • (20S proteasome beta- ...) x 7
  • Proteasome activator PA28
キーワードHYDROLASE / proteasome / protease / 11S subunit / hydrolyse activator / proteasome activator / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / proteasome activator complex / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / proteasome activator complex / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / proteasome core complex / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / endopeptidase activator activity / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / hydrolase activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit beta 1 / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome subunit beta 4 ...Proteasome subunit beta 1 / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2, putative / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-6, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome activator 28 subunit beta, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type ...Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2, putative / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-6, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome activator 28 subunit beta, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-1, putative / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Metcalfe, R.D. / Xie, S.C. / Hanssen, E. / Gillett, D.L. / Leis, A.P. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: The structure of the PA28-20S proteasome complex from Plasmodium falciparum and implications for proteostasis.
著者: Stanley C Xie / Riley D Metcalfe / Eric Hanssen / Tuo Yang / David L Gillett / Andrew P Leis / Craig J Morton / Michael J Kuiper / Michael W Parker / Natalie J Spillman / Wilson Wong / ...著者: Stanley C Xie / Riley D Metcalfe / Eric Hanssen / Tuo Yang / David L Gillett / Andrew P Leis / Craig J Morton / Michael J Kuiper / Michael W Parker / Natalie J Spillman / Wilson Wong / Christopher Tsu / Lawrence R Dick / Michael D W Griffin / Leann Tilley /
要旨: The activity of the proteasome 20S catalytic core is regulated by protein complexes that bind to one or both ends. The PA28 regulator stimulates 20S proteasome peptidase activity in vitro, but its ...The activity of the proteasome 20S catalytic core is regulated by protein complexes that bind to one or both ends. The PA28 regulator stimulates 20S proteasome peptidase activity in vitro, but its role in vivo remains unclear. Here, we show that genetic deletion of the PA28 regulator from Plasmodium falciparum (Pf) renders malaria parasites more sensitive to the antimalarial drug dihydroartemisinin, indicating that PA28 may play a role in protection against proteotoxic stress. The crystal structure of PfPA28 reveals a bell-shaped molecule with an inner pore that has a strong segregation of charges. Small-angle X-ray scattering shows that disordered loops, which are not resolved in the crystal structure, extend from the PfPA28 heptamer and surround the pore. Using single particle cryo-electron microscopy, we solved the structure of Pf20S in complex with one and two regulatory PfPA28 caps at resolutions of 3.9 and 3.8 Å, respectively. PfPA28 binds Pf20S asymmetrically, strongly engaging subunits on only one side of the core. PfPA28 undergoes rigid body motions relative to Pf20S. Molecular dynamics simulations support conformational flexibility and a leaky interface. We propose lateral transfer of short peptides through the dynamic interface as a mechanism facilitating the release of proteasome degradation products.
履歴
登録2018年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9259
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 20S proteasome alpha-1 subunit
B: 20S proteasome alpha-2 subunit
C: 20S proteasome alpha-3 subunit
D: 20S proteasome alpha-4 subunit
E: 20S proteasome alpha-5 subunit
F: 20S proteasome alpha-6 subunit
G: 20S proteasome alpha-7 subunit
H: 20S proteasome beta-1 subunit
I: 20S proteasome beta-2 subunit
J: 20S proteasome beta-3 subunit
K: 20S proteasome beta-4 subunit
L: 20S proteasome beta-5 subunit
M: 20S proteasome beta-6 subunit
N: 20S proteasome beta-7 subunit
O: 20S proteasome alpha-1 subunit
P: 20S proteasome alpha-2 subunit
Q: 20S proteasome alpha-3 subunit
R: 20S proteasome alpha-4 subunit
S: 20S proteasome alpha-5 subunit
T: 20S proteasome alpha-6 subunit
U: 20S proteasome alpha-7 subunit
V: 20S proteasome beta-1 subunit
W: 20S proteasome beta-2 subunit
X: 20S proteasome beta-3 subunit
Y: 20S proteasome beta-4 subunit
Z: 20S proteasome beta-5 subunit
a: 20S proteasome beta-6 subunit
b: 20S proteasome beta-7 subunit
c: Proteasome activator PA28
d: Proteasome activator PA28
e: Proteasome activator PA28
f: Proteasome activator PA28
g: Proteasome activator PA28
h: Proteasome activator PA28
i: Proteasome activator PA28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)995,14235
ポリマ－995,14235
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
20S proteasome alpha- ... , 7種, 14分子 AOBPCQDRESFTGU

#1: タンパク質 20S proteasome alpha-1 subunit


分子量: 29531.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8IAR3, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 20S proteasome alpha-2 subunit


分子量: 26556.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: C6KST3, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 20S proteasome alpha-3 subunit


分子量: 27977.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8IDG3, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 20S proteasome alpha-4 subunit


分子量: 27263.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8IDG2, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 20S proteasome alpha-5 subunit


分子量: 28417.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8IBI3, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 20S proteasome alpha-6 subunit


分子量: 28871.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8IK90, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 20S proteasome alpha-7 subunit


分子量: 29324.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: O77396, proteasome endopeptidase complex

-
20S proteasome beta- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 20S proteasome beta-1 subunit


分子量: 29143.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8I0U7, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 20S proteasome beta-2 subunit


分子量: 25104.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8I6T3, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 20S proteasome beta-3 subunit


分子量: 24533.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8I261, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 20S proteasome beta-4 subunit


分子量: 22889.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8IKC9, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 20S proteasome beta-5 subunit


分子量: 23620.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q8IJT1, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 20S proteasome beta-6 subunit


分子量: 27301.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: C0H4E8, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 20S proteasome beta-7 subunit


分子量: 30909.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 参照: UniProt: Q7K6A9, proteasome endopeptidase complex

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タンパク質 , 1種, 7分子 cdefghi

#15: タンパク質
Proteasome activator PA28


分子量: 33178.773 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0907700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I374

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
120S proteasome/PA28 complex.COMPLEXSample was a mixture of unbound 20S proteasome, 20S proteasome in complex with one PA28 cap, and 20S proteasome in complex with two PA28 caps.all0MULTIPLE SOURCES
2Plasmodium falciparum 20S proteasomeCOMPLEX#1-#141NATURAL
311S activator of the Plasmodium falciparum proteasome.COMPLEX#151RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.99 MDaNO
210.76 MDaNO
310.23 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)36329
32Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)36329
43Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)36329
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMSodium ChlorideNaCl1
25 mMMagnesium ChlorideMgCl21
31 mMDithiothreitolDTT1
425 mMTris hydrochlorideTris-HCl1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: wait time 0sec blot time 2sec blot force -1

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 100000 X / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5200
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択manual pick then autopick
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION3３次元再構成
19PHENIX1.14モデル精密化
画像処理詳細: Images were gain corrected
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 212749
詳細: Relion autopick from 5 class averages resulting from 200o0 particle picked manually
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57337 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 82.68 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
16DFK

6dfk

M6DFK1
26MUW

6muw

6MUW2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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