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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mgu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus Anthracis in the complex with inhibitor Oxanosine monophosphate | ||||||
要素 | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel (TIMバレル) / delta CBS / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Maltseva, N. / Yu, R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus Anthracis in the complex with inhibitor Oxanosine monophosphate 著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Yu, R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mgu.cif.gz | 273.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mgu.ent.gz | 229.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mgu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38237.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) 遺伝子: guaB, BA_0008, A9486_01210, ABW01_29210, BVG01_30935, COL95_27530 プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0J1HJU0, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMPデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 247分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Magnesium Chloride, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5, 30% (v/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 97222 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 29.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 4080 / CC1/2: 0.4 / % possible all: 82.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→43.206 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→43.206 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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