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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m7d | ||||||
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タイトル | Structure of ncleoprotein of sendai virus | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN/RNA / nucleocapsid (カプシド) / Sendai virus / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sendai virus (ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, Q. / Shan, H. / Zhang, N. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Structure and assembly of double-headed Sendai virus nucleocapsids. 著者: Na Zhang / Hong Shan / Mingdong Liu / Tianhao Li / Rui Luo / Liuyan Yang / Lei Qi / Xiaofeng Chu / Xin Su / Rui Wang / Yunhui Liu / Wenzhi Sun / Qing-Tao Shen / 要旨: Paramyxoviruses, including the mumps virus, measles virus, Nipah virus and Sendai virus (SeV), have non-segmented single-stranded negative-sense RNA genomes which are encapsidated by nucleoproteins ...Paramyxoviruses, including the mumps virus, measles virus, Nipah virus and Sendai virus (SeV), have non-segmented single-stranded negative-sense RNA genomes which are encapsidated by nucleoproteins into helical nucleocapsids. Here, we reported a double-headed SeV nucleocapsid assembled in a tail-to-tail manner, and resolved its helical stems and clam-shaped joint at the respective resolutions of 2.9 and 3.9 Å, via cryo-electron microscopy. Our structures offer important insights into the mechanism of the helical polymerization, in particular via an unnoticed exchange of a N-terminal hole formed by three loops of nucleoproteins, and unveil the clam-shaped joint in a hyper-closed state for nucleocapsid dimerization. Direct visualization of the loop from the disordered C-terminal tail provides structural evidence that C-terminal tail is correlated to the curvature of nucleocapsid and links nucleocapsid condensation and genome replication and transcription with different assembly forms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m7d.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m7d.ent.gz | 62.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57200.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sendai virus (strain Ohita) (センダイウイルス) 株: Ohita / 遺伝子: N, NP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O57286 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: cleaved double-headed nucleocapsid of sendai virus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Murine respirovirus (ウイルス) | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 0.068 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -27.58 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.09 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 134042 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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