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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m20 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium falciparum hexose transporter PfHT1 bound with glucose | |||||||||
要素 | Hexose transporter 1 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / MFS / hexose transporter / occluded state / Plasmodium falciparum | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dehydroascorbic acid transport / D-glucose transmembrane transporter activity / glucose import / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang, X. / Yuan, Y.Y. / Zhang, S. / Wang, N. / Yan, C.Y. / Yan, N. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Structural Basis for Blocking Sugar Uptake into the Malaria Parasite Plasmodium falciparum. 著者: Jiang, X. / Yuan, Y. / Huang, J. / Zhang, S. / Luo, S. / Wang, N. / Pu, D. / Zhao, N. / Tang, Q. / Hirata, K. / Yang, X. / Jiao, Y. / Sakata-Kato, T. / Wu, J.W. / Yan, C. / Kato, N. / Yin, H. / Yan, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m20.cif.gz | 379.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m20.ent.gz | 310.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6m20_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6m20_full_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6m20_validation.xml.gz | 67.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6m20_validation.cif.gz | 87.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m20 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56468.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: ht1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O97467 #2: 糖 | ChemComp-BGC / #3: 糖 | ChemComp-BNG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M MES pH 5.7, 26% (w/v) PEG 400 and 2% (w/v) Benzamidine hydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 84480 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.43 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Num. unique obs: 8948 / CC1/2: 0.666 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZW9 解像度: 2.6→20 Å / FOM work R set: 0.7162 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 168.99 Å2 / Biso mean: 83.94 Å2 / Biso min: 34.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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