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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lrz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Keap1 in complex with dimethyl fumarate (DMF) | |||||||||
要素 | Keap1-DC | |||||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / beta-propeller domain (Βプロペラドメイン) / oxidative stress (酸化ストレス) / Keap1-Nrf2 system / DMF / inhibitor complex (酵素阻害剤) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Padmanabhan, B. / Unni, S. / Deshmukh, P. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2021 タイトル: Structural insights into the multiple binding modes of Dimethyl Fumarate (DMF) and its analogs to the Kelch domain of Keap1. 著者: Unni, S. / Deshmukh, P. / Krishnappa, G. / Kommu, P. / Padmanabhan, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lrz.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lrz.ent.gz | 60 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lrz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34475.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 294分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-PG5 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000, Lithium Sulphate, Glycerol, Sodium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→23.65 Å / Num. obs: 55972 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 456974 / Scaling rejects: 751 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DYH 解像度: 1.54→21.78 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.33 Å2 / Biso mean: 19.5766 Å2 / Biso min: 7.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.54→21.78 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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