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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6la5 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its attaching receptor CD55 at pH 7.4 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Cryo-EM structure / echovirus 11 / CD55 (崩壊促進因子) / pH 7.4 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of complement activation / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ficolin-1-rich granule membrane ...negative regulation of complement activation / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / side of membrane / complement activation, classical pathway / 小胞 / ピコルナイン2A / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / secretory granule membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / Regulation of Complement cascade / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / positive regulation of T cell cytokine production / : / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / virus receptor activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / ゴルジ体 / RNA-dependent RNA polymerase activity / 自然免疫系 / DNA-templated transcription / lipid binding / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / structural molecule activity / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Echovirus E11 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. / Gao, F.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 2020 タイトル: Molecular and structural basis of Echovirus 11 infection by using the dual-receptor system of CD55 and FcRn. 著者: Niu, S. / Liu, C. / Liu, C. / Liu, S. / Song, Y. / Zhang, Y. / Tian, W. / Zhao, X. / Wang, P. / Gao, F.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6la5.cif.gz | 176.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6la5.ent.gz | 144 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6la5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6la5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6la5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 0856MC 0854C 0855C 0857C 0858C 0859C 0860C 0867C 0870C 0871C 6la3C 6la4C 6la6C 6la7C 6laoC 6lapC 6lb1C 6lboC 6lbqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-Capsid protein ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 32277.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q2LJ73*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27968.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0R5YS56*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 26062.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A346I7K2*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 7495.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス) / 参照: UniProt: E0WN77*PLUS |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 E
#5: タンパク質 | 分子量: 13586.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD55, CR, DAF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08174 |
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#6: 化合物 | ChemComp-SPH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | THE VIRUS WAS ISOLATED FROM CHINA, AND THE GENEBANK: MN496161. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Echovirus E11 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #2-#5 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.025 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25524 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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