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- PDB-4jgy: Crystal structure of human coxsackievirus A16 uncoating intermedi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jgy
タイトルCrystal structure of human coxsackievirus A16 uncoating intermediate (space group P4232)
要素
  • Polyprotein, capsid protein VP1
  • Polyprotein, capsid protein VP2
  • Polyprotein, capsid protein VP3
キーワードVIRUS / hand-foot-and-mouth disease / picornavirus uncoating / pocket factor / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / : / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Jelly Rolls - #20 / : / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ren, J. / Wang, X. / Hu, Z. / Gao, Q. / Sun, Y. / Li, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Gilbert, R.J. / Zhao, Y. ...Ren, J. / Wang, X. / Hu, Z. / Gao, Q. / Sun, Y. / Li, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Gilbert, R.J. / Zhao, Y. / Axford, D. / Williams, M. / Mcauley, K. / Rowlands, D.J. / Yin, W. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Rao, Z. / Fry, E.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Picornavirus uncoating intermediate captured in atomic detail.
著者: Ren, J. / Wang, X. / Hu, Z. / Gao, Q. / Sun, Y. / Li, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Gilbert, R.J. / Zhao, Y. / Axford, D. / Williams, M. / McAuley, K. / Rowlands, D.J. / Yin, W. / Wang, J. ...著者: Ren, J. / Wang, X. / Hu, Z. / Gao, Q. / Sun, Y. / Li, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Gilbert, R.J. / Zhao, Y. / Axford, D. / Williams, M. / McAuley, K. / Rowlands, D.J. / Yin, W. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Rao, Z. / Fry, E.E.
履歴
登録2013年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein, capsid protein VP1
B: Polyprotein, capsid protein VP2
C: Polyprotein, capsid protein VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3323
ポリマ－87,3323
非ポリマー00
水00
1
A: Polyprotein, capsid protein VP1
B: Polyprotein, capsid protein VP2
C: Polyprotein, capsid protein VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,239,907180
ポリマ－5,239,907180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Polyprotein, capsid protein VP1
B: Polyprotein, capsid protein VP2
C: Polyprotein, capsid protein VP3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 437 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,65915
ポリマ－436,65915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Polyprotein, capsid protein VP1
B: Polyprotein, capsid protein VP2
C: Polyprotein, capsid protein VP3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 524 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,99118
ポリマ－523,99118
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Polyprotein, capsid protein VP1
B: Polyprotein, capsid protein VP2
C: Polyprotein, capsid protein VP3
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 437 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,65915
ポリマ－436,65915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)357.000, 357.000, 357.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, 0.309017, -0.5), (0.309017, 0.5, 0.809017)
3generate(-0.309017, -0.5, 0.809017), (0.5, -0.809017, -0.309017), (0.809017, 0.309017, 0.5)
4generate(-0.309017, 0.5, 0.809017), (-0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, -0.309017, 0.5)
5generate(0.5, 0.809017, 0.309017), (-0.809017, 0.309017, 0.5), (0.309017, -0.5, 0.809017)

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein, capsid protein VP1


分子量: 33090.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN VERO CELLS
由来: (天然) Human coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
株: Ningbo.CHN/028-2/2009 / 参照: UniProt: I3W9E1
#2: タンパク質 Polyprotein, capsid protein VP2


分子量: 27587.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN VERO CELLS
由来: (天然) Human coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
株: Ningbo.CHN/028-2/2009 / 参照: UniProt: I3W9E1
#3: タンパク質 Polyprotein, capsid protein VP3


分子量: 26654.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN VERO CELLS
由来: (天然) Human coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
株: Ningbo.CHN/028-2/2009 / 参照: UniProt: I3W9E1
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 32

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.88 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12941
22941
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9762
シンクロトロンDiamond I2420.9686
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2012年4月30日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2012年4月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97621
20.96861
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 150962 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.604 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 13824 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VBR

3vbr


解像度: 3→49.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 19783238.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1480 1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 146270 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.1135 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.42 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5468 0 0 0 5468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it9.398
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it13.3316
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it16.4312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it19.5720
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 104 0.9 %
Rwork0.385 11199 -
obs--74.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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