[日本語] English
- PDB-6kiv: Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kiv
タイトルCryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom)
要素
  • (DNA (145-MER)) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Histone-lysine N-methyltransferase 2A
  • Retinoblastoma-binding protein 5
  • Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
  • Ubiquitinユビキチン
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / histone modification (ヒストン) / nucleosome (ヌクレオソーム) / MLL / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


euchromatin binding / positive regulation of cellular response to drug / regulation of histone H3-K14 acetylation / positive regulation of transporter activity / negative regulation of DNA methylation / histone H3-K4 dimethylation / histone H3-K4 monomethylation / unmethylated CpG binding / histone methyltransferase activity (H3-K4 specific) / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase ...euchromatin binding / positive regulation of cellular response to drug / regulation of histone H3-K14 acetylation / positive regulation of transporter activity / negative regulation of DNA methylation / histone H3-K4 dimethylation / histone H3-K4 monomethylation / unmethylated CpG binding / histone methyltransferase activity (H3-K4 specific) / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / histone H3-K4 trimethylation / Set1C/COMPASS complex / regulation of histone H3-K9 acetylation / MLL3/4 complex / histone H4-K8 acetylation / histone H4-K5 acetylation / Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / histone H3-K4 methylation / histone H4-K16 acetylation / embryonic hemopoiesis / negative regulation of histone H3-K4 methylation / MLL1 complex / beta-catenin-TCF complex assembly / positive regulation of gluconeogenesis / euchromatin => GO:0000791 / positive regulation of histone H3-K4 methylation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / hemopoiesis / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / viral transcription / histone acetyltransferase complex / histone H3 acetylation / translational initiation / MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / histone methyltransferase complex / nucleotide-binding oligomerization domain containing signaling pathway / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / methylated histone binding / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / DNA-templated transcription, initiation / global genome nucleotide-excision repair / 宿主 / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / lysine-acetylated histone binding / intracellular transport of virus / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion / endosomal transport / regulation of megakaryocyte differentiation / DNA damage response, detection of DNA damage / skeletal system development / error-free translesion synthesis / nucleotide-excision repair, DNA incision / modification-dependent protein catabolic process / protein targeting to peroxisome / JNK cascade / circadian regulation of gene expression / ヌクレオソーム / interstrand cross-link repair / endocytic vesicle membrane / タンパク質タグ / stress-activated MAPK cascade / error-prone translesion synthesis / interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to hypoxia / I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling / neuron projection development / viral life cycle / transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / DNA修復 / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / virion assembly / cytosolic small ribosomal subunit / transmembrane transport / regulation of mRNA stability / small ribosomal subunit / protein-containing complex assembly / post-translational protein modification / membrane organization / protein polyubiquitination / histone binding / Wntシグナル経路 / mitochondrial outer membrane / vesicle / activation of MAPK activity / structural constituent of ribosome / response to estrogen / endosome membrane / transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein ubiquitination / protein deubiquitination / 翻訳 (生物学)
WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Post-SET domain / Methyltransferase, trithorax / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Zinc-binding ribosomal protein / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Histone H2A/H2B/H3 / TATA box binding protein associated factor (TAF) ...WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Post-SET domain / Methyltransferase, trithorax / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Zinc-binding ribosomal protein / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Histone H2A/H2B/H3 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / FY-rich, C-terminal / FY-rich, N-terminal / SPRY domain / Ribosomal protein S27a / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, CXXC-type / Histone H2A / Zinc finger, PHD-type / Histone H4 / B30.2/SPRY domain / WD40リピート / Bromodomain / SET domain / Ubiquitin-like domain / Histone H2B / Histone H3/CENP-A / WD40 repeat, conserved site / WD40-repeat-containing domain / Histone H4, conserved site / in:ipr037866: / SPRY domain / Ubiquitin family / WD domain, G-beta repeat / SET domain / C-terminus of histone H2A / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, ePHD domain / Ubiquitin conserved site / Histone-lysine N-methyltransferase 2A / S27a-like superfamily / Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / Histone H2A, C-terminal domain / Ubiquitin domain / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Histone H2A conserved site / Extended PHD (ePHD) domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / Bromodomain-like superfamily / SPRY domain / Histone, subunit A / Histone, subunit A / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Jelly Rolls / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
Histone H2A / Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 / Retinoblastoma-binding protein 5 / Histone-lysine N-methyltransferase 2A / Histone H3.2 / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Histone H4 / WD repeat-containing protein 5 / Histone H2A type 1 / Histone H3 / Histone H2B 1.1
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Huang, J. / Xue, H. / Yao, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Science Foundation (China) 中国
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Structural basis of nucleosome recognition and modification by MLL methyltransferases.
著者: Han Xue / Tonghui Yao / Mi Cao / Guanjun Zhu / Yan Li / Guiyong Yuan / Yong Chen / Ming Lei / Jing Huang /
要旨: Methyltransferases of the mixed-lineage leukaemia (MLL) family-which include MLL1, MLL2, MLL3, MLL4, SET1A and SET1B-implement methylation of histone H3 on lysine 4 (H3K4), and have critical and ...Methyltransferases of the mixed-lineage leukaemia (MLL) family-which include MLL1, MLL2, MLL3, MLL4, SET1A and SET1B-implement methylation of histone H3 on lysine 4 (H3K4), and have critical and distinct roles in the regulation of transcription in haematopoiesis, adipogenesis and development. The C-terminal catalytic SET (Su(var.)3-9, enhancer of zeste and trithorax) domains of MLL proteins are associated with a common set of regulatory factors (WDR5, RBBP5, ASH2L and DPY30) to achieve specific activities. Current knowledge of the regulation of MLL activity is limited to the catalysis of histone H3 peptides, and how H3K4 methyl marks are deposited on nucleosomes is poorly understood. H3K4 methylation is stimulated by mono-ubiquitination of histone H2B on lysine 120 (H2BK120ub1), a prevalent histone H2B mark that disrupts chromatin compaction and favours open chromatin structures, but the underlying mechanism remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of human MLL1 and MLL3 catalytic modules associated with nucleosome core particles that contain H2BK120ub1 or unmodified H2BK120. These structures demonstrate that the MLL1 and MLL3 complexes both make extensive contacts with the histone-fold and DNA regions of the nucleosome; this allows ease of access to the histone H3 tail, which is essential for the efficient methylation of H3K4. The H2B-conjugated ubiquitin binds directly to RBBP5, orienting the association between MLL1 or MLL3 and the nucleosome. The MLL1 and MLL3 complexes display different structural organizations at the interface between the WDR5, RBBP5 and MLL1 (or the corresponding MLL3) subunits, which accounts for the opposite roles of WDR5 in regulating the activity of the two enzymes. These findings transform our understanding of the structural basis for the regulation of MLL activity at the nucleosome level, and highlight the pivotal role of nucleosome regulation in histone-tail modification.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9999
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
I: DNA (145-MER)
J: DNA (145-MER)
K: Histone-lysine N-methyltransferase 2A
N: Retinoblastoma-binding protein 5
O: Ubiquitin
T: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
R: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,79317
ポリマ-387,34315
非ポリマー4502
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 9種, 13分子 AEBFCGDHKNOTR

#1: タンパク質 Histone H3 /


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1, UniProt: P84233*PLUS
#2: タンパク質 Histone H4 /


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A /


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS
#4: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13498.715 Da / 分子数: 2 / Mutation: S29T/K117C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#7: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase 2A / Lysine N-methyltransferase 2A / ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Myeloid/lymphoid or mixed- ...Lysine N-methyltransferase 2A / ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 1 / Trithorax-like protein / Zinc finger protein HRX


分子量: 24970.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KMT2A, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, MLL, MLL1, TRX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03164, histone-lysine N-methyltransferase
#8: タンパク質 Retinoblastoma-binding protein 5 / RBBP-5 / Retinoblastoma-binding protein RBQ-3


分子量: 59223.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP5, RBQ3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15291
#9: タンパク質 Ubiquitin / ユビキチン


分子量: 8622.922 Da / 分子数: 1 / Mutation: G76C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A, UBA80, UBCEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62979
#10: タンパク質 Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 / ASH2-like protein


分子量: 60288.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH2L, ASH2L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBL3
#11: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 36635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44521.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44992.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#12: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C14H20N6O5S
#13: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

-
詳細

Has ligand of interestN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human MLL1 complex associated with an H2B-monoubiquitinated nucleosome (4.0 angstrom)COMPLEX#1-#110MULTIPLE SOURCES
2Human MLL1 complexKMT2ACOMPLEX#1-#111RECOMBINANT
3H2B-monoubiquitinated nucleosomeCOMPLEX#1-#111MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127898 / 対称性のタイプ: POINT
精密化Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
精密化-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007121718
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.883730585
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05263438
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00672870
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.987912038

+
万見について

-
お知らせ

-
2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

-
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る