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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k9g | ||||||
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タイトル | Human LXR-beta in complex with an agonist | ||||||
要素 | Oxysterols receptor LXR-beta | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Nuclear receptor (核内受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of lipid storage / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of lipid transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / nuclear retinoid X receptor binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of protein metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / hormone-mediated signaling pathway / cholesterol homeostasis / negative regulation of proteolysis / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Zhou, H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Discovery of new LXR beta agonists as glioblastoma inhibitors. 著者: Chen, H. / Chen, Z. / Zhang, Z. / Li, Y. / Zhang, S. / Jiang, F. / Wei, J. / Ding, P. / Zhou, H. / Gu, Q. / Xu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k9g.cif.gz | 358.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k9g.ent.gz | 290.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31171.588 Da / 分子数: 4 / 変異: Q259A, R261G, D262S, R264S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, LXRB, NER, UNR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55055 #2: 化合物 | ChemComp-D3R / ~{ #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Tris HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50.01 Å / Num. obs: 26810 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4967 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JIO 解像度: 2.8→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 38.703 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.856 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→50.01 Å
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拘束条件 |
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