[日本語] English
万見
- PDB-6k8n: Crystal structure of the Sulfolobus solfataricus topoisomerase III -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8n
タイトルCrystal structure of the Sulfolobus solfataricus topoisomerase III
要素topoisomerase IIIDNAトポイソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Topoisomerase III (DNAトポイソメラーゼ) / type IA topoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAトポイソメラーゼ / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase I, archeal-type / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 ...DNA topoisomerase I, archeal-type / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNAトポイソメラーゼ / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / TOPRIM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNAトポイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, H.Q. / Zhang, J.H. / Zheng, X. / Zheng, Z.F. / Dong, Y.H. / Huang, L. / Gong, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of the Sulfolobus solfataricus topoisomerase III reveal that its C-terminal novel zinc finger part is a unique decatenation domain
著者: Wang, H.Q. / Zhang, J.H. / Zheng, X. / Zheng, Z.F. / Dong, Y.H. / Huang, L. / Gong, Y.
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: topoisomerase III
B: topoisomerase III
C: topoisomerase III
D: topoisomerase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,9718
ポリマ－306,7094
非ポリマー2624
水18,3751020
1
A: topoisomerase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7432
ポリマ－76,6771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: topoisomerase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7432
ポリマ－76,6771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: topoisomerase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7432
ポリマ－76,6771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: topoisomerase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7432
ポリマ－76,6771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.671, 90.040, 156.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
topoisomerase III / DNAトポイソメラーゼ / DNA topoisomerase I family A (TopA)


分子量: 76677.344 Da / 分子数: 4 / 変異: Y318F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZJ8, DNAトポイソメラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 8% (v/v) Tacsimate (pH 4.4), and 13.75% (w/v) Polyethyleneglycerol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 172718 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8284 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GAJ

2gaj


解像度: 2.1→50 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 8481 4.94 %
Rwork0.2028 --
obs0.205 171737 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21559 0 4 1020 22583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88529624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5148430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063651
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12380.33592650.28635188X-RAY DIFFRACTION94
2.1238-2.14880.33822630.27285240X-RAY DIFFRACTION94
2.1488-2.1750.32682410.26135259X-RAY DIFFRACTION94
2.175-2.20250.31892760.25615251X-RAY DIFFRACTION94
2.2025-2.23150.27912420.25335304X-RAY DIFFRACTION95
2.2315-2.26210.3013300.24795258X-RAY DIFFRACTION95
2.2621-2.29440.2933030.2415238X-RAY DIFFRACTION95
2.2944-2.32860.30512740.23315315X-RAY DIFFRACTION96
2.3286-2.3650.28243020.23315362X-RAY DIFFRACTION96
2.365-2.40380.28442720.24235317X-RAY DIFFRACTION96
2.4038-2.44520.31162670.245366X-RAY DIFFRACTION97
2.4452-2.48970.27852940.23355393X-RAY DIFFRACTION97
2.4897-2.53760.29422690.22815451X-RAY DIFFRACTION98
2.5376-2.58930.30152660.22535458X-RAY DIFFRACTION98
2.5893-2.64560.24272860.21375534X-RAY DIFFRACTION99
2.6456-2.70710.27312790.21415443X-RAY DIFFRACTION98
2.7071-2.77480.26982810.2215489X-RAY DIFFRACTION99
2.7748-2.84980.26352980.21745508X-RAY DIFFRACTION99
2.8498-2.93370.26172960.21995469X-RAY DIFFRACTION99
2.9337-3.02830.26972630.21355528X-RAY DIFFRACTION99
3.0283-3.13650.29662600.21445542X-RAY DIFFRACTION99
3.1365-3.2620.25873000.21345578X-RAY DIFFRACTION99
3.262-3.41040.2512950.20935537X-RAY DIFFRACTION99
3.4104-3.590.24373100.19845560X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.81480.22332890.1845565X-RAY DIFFRACTION100
3.8148-4.1090.22092840.17545649X-RAY DIFFRACTION100
4.109-4.52180.20262750.16775594X-RAY DIFFRACTION100
4.5218-5.17470.1982910.16435619X-RAY DIFFRACTION100
5.1747-6.5140.24152830.19485667X-RAY DIFFRACTION100
6.514-37.48870.19353270.17635574X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る