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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jyl | |||||||||
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タイトル | The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / chromatin remodelling / single particle Cryo-EM / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Isw1b complex / Isw1 complex / Isw1a complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding ...Isw1b complex / Isw1 complex / Isw1a complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding / sister chromatid cohesion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase I transcription / nucleosome binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / mRNA 3'-UTR binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / response to heat / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Escherichia coli K-12 (大腸菌) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan, L.J. / Wu, H. / Li, X.M. / Gao, N. / Chen, Z.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structures of the ISWI-nucleosome complex reveal a conserved mechanism of chromatin remodeling. 著者: Lijuan Yan / Hao Wu / Xuemei Li / Ning Gao / Zhucheng Chen / 要旨: Chromatin remodelers are diverse enzymes, and different models have been proposed to explain how these proteins work. Here we report the 3.3 Å-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) ...Chromatin remodelers are diverse enzymes, and different models have been proposed to explain how these proteins work. Here we report the 3.3 Å-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of Saccharomyces cerevisiae ISWI (ISW1) in complex with the nucleosome in adenosine diphosphate (ADP)-bound and ADP-BeF-bound states. The data show that after nucleosome binding, ISW1 is activated by substantial rearrangement of the catalytic domains, with the regulatory AutoN domain packing the first RecA-like core and the NegC domain being disordered. The high-resolution structure reveals local DNA distortion and translocation induced by ISW1 in the ADP-bound state, which is essentially identical to that induced by the Snf2 chromatin remodeler, suggesting a common mechanism of DNA translocation. The histone core remains largely unperturbed, and prevention of histone distortion by crosslinking did not inhibit the activity of yeast ISW1 or its human homolog. Together, our findings suggest a general mechanism of chromatin remodeling involving local DNA distortion without notable histone deformation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jyl.cif.gz | 391.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jyl.ent.gz | 290.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jyl_validation.pdf.gz | 993.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6jyl_full_validation.pdf.gz | 1000.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6jyl_validation.xml.gz | 40 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jyl_validation.cif.gz | 65 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9718MC 9719C 9720C 6iroC 6k1pC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10482 (タイトル: ISWI-NCP complex in the ADPBeF-bound state / Data size: 41.7 Data #1: The ISWI-NCP complex in the ADPBeF-bound state [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHK
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1 #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #4: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 #7: タンパク質 | | 分子量: 123170.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ISW1, YBR245C, YBR1633 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: P38144, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 51357.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 51748.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-非ポリマー , 3種, 3分子
#8: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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#9: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#10: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 1.0 mg/ml / 名称: sodium chloride / 式: NaCl | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 詳細: blot 1.5s |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN ULTST ULTRA LOW TEMPERATURE SINGLE TILT HELIUM COOLING HOLDER 最高温度: 80 K / 最低温度: 70 K / Residual tilt: 0.1 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 1.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 5000 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF 2000 / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 10 µm / 横: 1034 / 縦: 1034 / 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 316230 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 200 / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5X0Y PDB chain-ID: A / Accession code: 5X0Y / Pdb chain residue range: 1-1000 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |