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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jao | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ABC transporter alpha-glycoside-binding mutant protein R356A in complex with palatinose | |||||||||
要素 | ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate-bindingsite / alpha-glycoside-binding protein / Ligand selection / Multi-substrate transporter / Sugar replacement / Venus Fly-trap mechanism | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | |||||||||
データ登録者 | Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Gogoi, P. | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2020 タイトル: Structural and thermodynamic correlation illuminates the selective transport mechanism of disaccharide alpha-glycosides through ABC transporter. 著者: Chandravanshi, M. / Gogoi, P. / Kanaujia, S.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jao.cif.gz | 114 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jao.ent.gz | 83.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jao.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jao_validation.pdf.gz | 856 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6jao_full_validation.pdf.gz | 857.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6jao_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jao_validation.cif.gz | 35.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/6jao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/6jao | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6j9wSC 6j9yC 6jadC 6jagC 6jahC 6jaiC 6jalC 6jamC 6janC 6japC 6jaqC 6jarC 6jazC 6jb0C 6jb4C 6jbaC 6jbbC 6jbeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46081.883 Da / 分子数: 1 / 変異: R356A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0356 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q5SLD7 |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-fructofuranose |
-非ポリマー , 4種, 561分子
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 % / 解説: Tetragonal |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 詳細: 0.05 M Citric Acid, 0.05 M Bis-Tris Propane, 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月26日 / 詳細: VariMax HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→73.75 Å / Num. obs: 53234 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→9.04 Å / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 2987 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.322 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6J9W 解像度: 1.77→73.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.882 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.1 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.54 Å2 / Biso mean: 20.911 Å2 / Biso min: 9.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→73.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.773→1.819 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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