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- PDB-2w7y: Structure of a Streptococcus pneumoniae solute-binding protein in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w7y
タイトルStructure of a Streptococcus pneumoniae solute-binding protein in complex with the blood group A-trisaccharide.
要素PROBABLE SUGAR ABC TRANSPORTER, SUGAR-BINDING PROTEIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR-BINDING PROTEIN / SOLUTE-BINDING PROTEIN / STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE / BLOOD GROUP ANTIGEN / CARBOHYDRATE TRANSPORT
機能・相同性Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / IODIDE ION / :
機能・相同性情報
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Higgins, M.A. / Abbott, D.W. / Boulanger, M.J. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Blood-Group Antigen Recognition by a Solute-Binding Protein from a Serotype 3 Strain of Streptococcus Pneumoniae.
著者: Higgins, M.A. / Abbott, D.W. / Boulanger, M.J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE SUGAR ABC TRANSPORTER, SUGAR-BINDING PROTEIN
B: PROBABLE SUGAR ABC TRANSPORTER, SUGAR-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6536
ポリマ－94,3402
非ポリマー1,3134
水7,386410
1
A: PROBABLE SUGAR ABC TRANSPORTER, SUGAR-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8263
ポリマ－47,1701
非ポリマー6562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROBABLE SUGAR ABC TRANSPORTER, SUGAR-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8263
ポリマ－47,1701
非ポリマー6562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.990, 104.900, 97.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 38 - 383 / Label seq-ID: 38 - 385

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 PROBABLE SUGAR ABC TRANSPORTER, SUGAR-BINDING PROTEIN / FCSSBP


分子量: 47169.984 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUTE-BINDING PROTEIN, RESIDUES 24-430 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: SP3-BS71 / プラスミド: PSBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5LBQ6
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a2-b1_a3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97884
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97884 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 31126 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.35→97.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 17.293 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.671 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26311 1569 5 %RANDOM
Rwork0.21339 ---
obs0.21592 29535 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.495 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.21 Å2
2--1.71 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→97.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5966 0 74 410 6450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.9648316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5715774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68726.567268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.402151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.744158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.24198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.181.53870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.17826178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.45532482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5764.52138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2983 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.03 Å

Dom-IDAuth asym-IDタイプWeight position
1Atight positional0.05
2Btight positional0.05
1Atight thermal0.5
2Btight thermal0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 103
Rwork0.257 2180
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2695-0.7665-0.38245.7694-2.111.5591-0.263-0.43860.16760.29870.2123-0.328-0.08620.14310.0507-0.1170.0181-0.0580.0828-0.0628-0.041725.48854.601363.8667
25.0822-1.0571-0.02342.4489-0.28382.2767-0.3608-0.5971-0.44550.21070.35670.27560.1537-0.41590.0042-0.05570.05330.0420.07870.0665-0.122712.2872-5.173965.4454
30.59460.08030.48880.3289-0.01882.3725-0.07950.12120.0193-0.16270.03720.02140.08510.04570.0423-0.0687-0.01640.0032-0.0274-0.0065-0.04495.83661.360636.4362
46.85380.4631-0.27045.2741-0.29451.2846-0.09940.6450.3221-0.26880.0859-0.21260.12560.35150.0136-0.0429-0.0035-0.0432-0.0639-0.0133-0.068912.8935-2.375333.5977
55.3145-0.10020.96582.6632-2.049111.02980.00780.0314-0.4276-0.03580.06560.50510.7912-0.5711-0.07350.0127-0.07230.0447-0.1346-0.02630.09585.8245-18.652943.7875
63.4495-2.057-2.38059.81992.3948.3673-0.05190.0238-0.1462-0.36370.2916-0.8744-0.26650.3884-0.2397-0.17410.00640.02660.077-0.0645-0.060717.5897-4.115932.4801
71.4674-0.33020.36711.40820.5872.5729-0.0648-0.23820.19010.0330.046-0.0007-0.23670.07120.0188-0.12440.00480.0036-0.056-0.0128-0.07111.45116.759653.4685
82.4272-1.1355-0.67442.82860.82432.2429-0.07810.0242-0.03670.04130.04740.1963-0.0511-0.0990.0307-0.163-0.02960.0257-0.0860.0028-0.10997.76270.874445.8696
93.7354-0.46470.57225.3106-1.59262.0067-0.04930.19770.09010.21930.025-0.5544-0.0350.09830.0242-0.0018-0.0758-0.03120.0424-0.0129-0.00946.2663-23.078482.1982
104.4407-1.24831.70592.8998-0.93573.8729-0.29120.18380.38850.12040.1318-0.0313-0.2468-0.67090.1594-0.0144-0.0429-0.04790.09930.0191-0.130631.7076-17.294878.9121
110.7140.2657-0.87210.1304-0.04933.4689-0.15170.0433-0.0350.1377-0.005-0.0405-0.1012-0.07090.15670.0140.0163-0.00190.00830.0045-0.048424.0689-23.6907106.0728
126.08760.8561-0.73014.25240.71443.9193-0.3377-0.13310.16810.06810.11630.1274-0.22860.05870.2214-0.0292-0.003-0.041-0.1023-0.046-0.058328.649-18.3944109.8873
132.67410.07861.9016.5365-1.63825.6076-0.31240.04850.5178-0.34050.11970.0789-0.44060.01870.19260.0766-0.0401-0.0416-0.04290.00130.036230.7737-11.9816105.9765
140.32040.3129-0.54540.3424-0.86333.8964-0.29020.1201-0.550.22380.2031-0.19950.61260.1430.0870.12060.0163-0.0008-0.07570.02730.01329.5347-32.5034105.6883
151.9732-0.1095-1.32161.30610.10523.0196-0.28060.4916-0.3817-0.07980.0470.04390.2385-0.46180.2336-0.0556-0.1029-0.01530.1671-0.0399-0.048527.4525-29.813884.0695
163.88212.57941.41662.98941.7092.1264-0.4002-0.01370.3825-0.29010.15230.0925-0.4279-0.0690.24790.0660.0263-0.0899-0.09410.029-0.019531.0029-13.4185102.5715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3A104 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4A149 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5A170 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6A200 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7A222 - 310
8X-RAY DIFFRACTION8A311 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9B38 - 52
10X-RAY DIFFRACTION10B53 - 101
11X-RAY DIFFRACTION11B102 - 146
12X-RAY DIFFRACTION12B147 - 175
13X-RAY DIFFRACTION13B176 - 224
14X-RAY DIFFRACTION14B225 - 252
15X-RAY DIFFRACTION15B253 - 322
16X-RAY DIFFRACTION16B323 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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