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万見
- PDB-6j9w: Crystal structure of ABC transporter alpha-glycoside-binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j9w
タイトルCrystal structure of ABC transporter alpha-glycoside-binding protein in complex with trehalose
要素ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate-binding site / alpha-glycoside-binding protein / Ligand selection / Multi-substrate transporter / Sugar replacement / Venus Fly-trap mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / CITRIC ACID / ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Gogoi, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India)BT/563/NE/U-Excel/2016 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural and thermodynamic correlation illuminates the selective transport mechanism of disaccharide alpha-glycosides through ABC transporter.
著者: Chandravanshi, M. / Gogoi, P. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7644
ポリマ－46,1681
非ポリマー5963
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.900, 84.900, 145.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-711-

HOH

21A-982-

HOH

31A-1130-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein / alpha-GlyBP


分子量: 46168.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0356 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SLD7
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % / 解説: Tetragonal
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04 M Citric Acid, 0.06 M Bis-Tris Propane, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月22日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→73.37 Å / Num. obs: 50048 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.8→9 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 2860 / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.185 / Rrim(I) all: 0.473 / % possible all: 98.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.24 Å46.34 Å
Translation7.24 Å46.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
iMOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
Coot0.8.9.1モデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EU8

1eu8


解像度: 1.8→73.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.583 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.085
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1641 2552 5.1 %RANDOM
Rwork0.1325 ---
obs0.1341 47420 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.85 Å2 / Biso mean: 17.695 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.18 Å2-0 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→73.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3217 0 40 533 3790
Biso mean--19.81 30.63 -
残基数----403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8481.9544594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93437086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6565412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83822.754167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.38315532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7581535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02751
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 190 -
Rwork0.153 3387 -
all-3577 -
obs--98.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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