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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ixr | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Myo2-GTD in complex with Inp2 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Cargo binding domain | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance ...: / peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / vesicle docking involved in exocytosis / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / fungal-type vacuole membrane / microfilament motor activity / actin filament bundle / filamentous actin / establishment of mitotic spindle orientation / protein-membrane adaptor activity / 小胞 / vesicle-mediated transport / actin filament organization / actin filament binding / マイクロフィラメント / protein transport / vesicle / calmodulin binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.854 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tang, K. / Wei, Z. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019 タイトル: Structural mechanism for versatile cargo recognition by the yeast class V myosin Myo2. 著者: Tang, K. / Li, Y. / Yu, C. / Wei, Z. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ixr.cif.gz | 177.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ixr.ent.gz | 141 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ixr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48900.484 Da / 分子数: 1 / 変異: Deletions 1342-1347 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MYO2, CDC66, YOR326W, O6167 / プラスミド: modified pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19524 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2623.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: INP2, YMR163C, YM8520.12C / プラスミド: modified pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03824 |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 8% w/v PEG 4000, 0.2-0.3 M lithium/ammonium sulfate pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月30日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→55 Å / Num. obs: 13042 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 79.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 14.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2F6H 解像度: 2.854→49.446 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 188.14 Å2 / Biso mean: 93.3167 Å2 / Biso min: 50.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.854→49.446 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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