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万見
- PDB-6iwb: Crystal structure of a computationally designed protein (LD3) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iwb
タイトルCrystal structure of a computationally designed protein (LD3) in complex with BCL-2
要素
  • Apolipoprotein EアポリポプロテインE
  • Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of melanocyte differentiation ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / osteoblast proliferation / cochlear nucleus development / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / chylomicron remnant / lipid transport involved in lipid storage / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan binding / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / metal chelating activity / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / gland morphogenesis / renal system process / discoidal high-density lipoprotein particle / chylomicron remnant clearance / リポタンパク質 / maintenance of location in cell / very-low-density lipoprotein particle clearance / intermediate-density lipoprotein particle / regulation of cell-matrix adhesion / very-low-density lipoprotein particle remodeling / T cell apoptotic process / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of amyloid-beta clearance / melanocyte differentiation / The NLRP1 inflammasome / response to caloric restriction / Chylomicron clearance / negative regulation of triglyceride metabolic process / dendritic cell apoptotic process / ear development / NMDA glutamate receptor clustering / カイロミクロン / Chylomicron remodeling / lymphoid progenitor cell differentiation / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron assembly / lipid transporter activity / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of cholesterol metabolic process / regulation of behavioral fear response / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / high-density lipoprotein particle remodeling / high-density lipoprotein particle clearance / multivesicular body, internal vesicle / lipoprotein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / phospholipid efflux / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / regulation of amyloid fibril formation / regulation of nitrogen utilization / regulation of protein metabolic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / glomerulus development / AMPA glutamate receptor clustering / B cell apoptotic process / low-density lipoprotein particle / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation by host of viral process / oocyte development / cholesterol transfer activity / reverse cholesterol transport / positive regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of multicellular organism growth / neuron maturation / high-density lipoprotein particle assembly / very-low-density lipoprotein particle / metanephros development / positive regulation of CoA-transferase activity / melanosome organization / lipoprotein biosynthetic process / protein import / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / negative regulation of blood coagulation / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of ossification / high-density lipoprotein particle / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of B cell apoptotic process
類似検索 - 分子機能
アポリポタンパク質 / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apolipoprotein A/E / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. ...アポリポタンパク質 / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apolipoprotein A/E / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
アポリポプロテインE / Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, S. / Kwak, M.J. / Oh, B.-H. / Correia, B.E. / Gainza, P.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2020
タイトル: A computationally designed chimeric antigen receptor provides a small-molecule safety switch for T-cell therapy.
著者: Giordano-Attianese, G. / Gainza, P. / Gray-Gaillard, E. / Cribioli, E. / Shui, S. / Kim, S. / Kwak, M.J. / Vollers, S. / Corria Osorio, A.J. / Reichenbach, P. / Bonet, J. / Oh, B.H. / Irving, ...著者: Giordano-Attianese, G. / Gainza, P. / Gray-Gaillard, E. / Cribioli, E. / Shui, S. / Kim, S. / Kwak, M.J. / Vollers, S. / Corria Osorio, A.J. / Reichenbach, P. / Bonet, J. / Oh, B.H. / Irving, M. / Coukos, G. / Correia, B.E.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein E
B: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
C: Apolipoprotein E
D: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5966
ポリマ－74,4034
非ポリマー1922
水1629
1
A: Apolipoprotein E
B: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3944
ポリマ－37,2022
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
2
C: Apolipoprotein E
D: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2022
ポリマ－37,2022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.718, 129.718, 80.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein E / アポリポプロテインE / Apo-E


分子量: 17844.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02649
#2: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19357.557 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-34,UNP residues 92-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Authors state that the L21, E22, S25, S28, I129, A130, Q132, L133 I136 G137, F140 and A154 residues ...Authors state that the L21, E22, S25, S28, I129, A130, Q132, L133 I136 G137, F140 and A154 residues are mutated regions based on the result of computational design.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% PEG2000, 0.1M Sodium Succinate (pH 5.5), 0.32M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25890 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 45.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.442.40.2246160.7240.1190.2570.47841.6
2.44-2.492.40.2338450.5010.1290.270.44156.3
2.49-2.532.70.2339830.5450.1260.2680.42165.6
2.53-2.593.10.23810940.6380.1160.2680.46671.7
2.59-2.643.50.24211370.6920.1110.2690.46676.6
2.64-2.74.10.23712060.8940.1030.2610.51379.7
2.7-2.774.80.23512380.8320.0970.2560.53682
2.77-2.854.90.22512350.8850.0890.2440.59883.2
2.85-2.936.60.2213630.9310.0770.2340.62190.4
2.93-3.027.40.21113870.9480.070.2230.67691.9
3.02-3.138.10.19713850.9710.0630.2070.76392
3.13-3.268.90.17614310.980.0540.1850.85694.5
3.26-3.41100.16114580.9970.0480.1680.95696.2
3.41-3.5811.60.13814470.990.0390.1441.18596.7
3.58-3.8113.10.12715050.9950.0330.1311.28497.9
3.81-4.113.90.11414740.9950.0290.1181.38298.5
4.1-4.52140.115140.9960.0250.1031.44998.4
4.52-5.1715.60.08515010.9970.0210.0881.24299
5.17-6.5114.80.07515150.9980.0190.0780.90898.8
6.51-5016.40.042155610.010.0440.73898.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.025 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.71 / 位相誤差: 31.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 1202 4.99 %
Rwork0.2389 --
obs0.2408 24082 90.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.56 Å2 / Biso mean: 63.0333 Å2 / Biso min: 18.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4447 0 10 9 4466
Biso mean--84.55 48.42 -
残基数----563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064535
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7686138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2692687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.60020.3529980.28981964206270
2.6002-2.71850.35641180.28932214233279
2.7185-2.86180.39011240.28942331245583
2.8618-3.04110.31761390.28412584272392
3.0411-3.27580.35241410.29382628276994
3.2758-3.60530.32921440.24292723286796
3.6053-4.12670.29911480.23072775292398
4.1267-5.19810.22091430.20992815295899
5.1981-46.03290.20151470.20912846299399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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