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Yorodumi- PDB-5wqh: Structure of fungal meroterpenoid isomerase Trt14 complexed with ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5wqh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of fungal meroterpenoid isomerase Trt14 complexed with substrate analog and endo-terretonin D | ||||||
Components | Isomerase trt14 | ||||||
Keywords | ISOMERASE / meroterpenoid / terretonin | ||||||
| Function / homology | : / Isomerases / terpenoid biosynthetic process / isomerase activity / Chem-7WU / Chem-7WX / Isomerase trt14 Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.102 Å | ||||||
Authors | Mori, T. / Matsuda, Y. / Abe, I. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2017Title: Molecular basis for the unusual ring reconstruction in fungal meroterpenoid biogenesis Authors: Mori, T. / Iwabuchi, T. / Hoshino, S. / Wang, H. / Matsuda, Y. / Abe, I. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5wqh.cif.gz | 375.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5wqh.ent.gz | 307.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5wqh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5wqh_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5wqh_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
| Data in XML | 5wqh_validation.xml.gz | 37.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5wqh_validation.cif.gz | 50.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wqh | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5wqfSC ![]() 5wqgC ![]() 5wqiC ![]() 5x9jC ![]() 5x9kC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 18323.566 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-7WU / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.96 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100mM Imidazole (pH 8.0), 10% PEG 8000, 100mM Ca(OAc)2, 2% 1-propanol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 62097 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.64 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / CC1/2: 0.787 / % possible all: 93.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5WQF Resolution: 2.102→47.252 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.41
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.102→47.252 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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