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- PDB-6hjw: Crystal structure of the chloroplast chorismate mutase from Zea mays -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hjw
タイトルCrystal structure of the chloroplast chorismate mutase from Zea mays
要素Chorismate mutase
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / chorismate mutase / zea mays (トウモロコシ) / chloroplast (葉緑体)
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / 葉緑体 / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Chorismate Mutase, subunit A / Chorismate mutase, AroQ class superfamily, eukaryotic / Chorismate mutase, AroQ class, eukaryotic type / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase, AroQ class superfamily, eukaryotic / Chorismate mutase type II superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
チロシン / Chorismate mutase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: A kiwellin disarms the metabolic activity of a secreted fungal virulence factor.
著者: Han, X. / Altegoer, F. / Steinchen, W. / Binnebesel, L. / Schuhmacher, J. / Glatter, T. / Giammarinaro, P.I. / Djamei, A. / Rensing, S.A. / Reissmann, S. / Kahmann, R. / Bange, G.
履歴
登録2018年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id ..._cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.ref_id
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate mutase
B: Chorismate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1534
ポリマ－70,7912
非ポリマー3622
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.800, 89.830, 216.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-249-

MET

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要素

#1: タンパク質 Chorismate mutase /


分子量: 35395.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100272431, ZEAMMB73_Zm00001d043356 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4FNK8, chorismate mutase
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H11NO3 / 参照: UniProt: B4FNK8*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium tartrate, 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.92 Å / Num. obs: 21328 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 12.46
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.018 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 2101 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 99.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CSM

3csm


解像度: 2.5→46.086 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 1066 5.01 %
Rwork0.2226 --
obs0.2252 21328 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 26 19 3995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034059
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5785487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2272491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61380.36931290.33982459X-RAY DIFFRACTION100
2.6138-2.75160.42111310.30672473X-RAY DIFFRACTION99
2.7516-2.9240.31551320.29142502X-RAY DIFFRACTION100
2.924-3.14970.34941320.27562502X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.46660.36931330.26372529X-RAY DIFFRACTION100
3.4666-3.96790.24541330.2192526X-RAY DIFFRACTION100
3.9679-4.99820.23071350.18122559X-RAY DIFFRACTION100
4.9982-46.09380.2321410.18872665X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2630.80850.15421.85830.11931.9661-0.048-0.25940.5271-0.2569-0.00950.4182-0.1785-0.49340.14990.59990.0016-0.04640.524-0.01830.42058.775828.378715.1277
25.07851.4113-2.45822.8106-0.58491.71310.1794-1.078-0.92760.6225-0.6403-0.67390.1190.39010.59010.5969-0.0458-0.14670.91660.1870.663829.200314.025131.0489
33.65321.35430.43650.771.29933.91190.1779-0.7925-0.50280.3712-0.2041-0.13161.1446-0.3447-0.01880.593-0.0469-0.05910.5960.18830.542810.858214.440625.2117
43.2183-0.7924-3.48642.0936-0.4595.3030.1562-0.7941-1.01970.594-0.5099-0.30250.7051-0.59040.06080.7503-0.4007-0.08340.75540.18640.7445-0.404513.608321.1368
56.7435-1.24832.56972.6950.24696.0180.1364-0.5093-0.75090.028-0.0301-0.18840.8264-0.0459-0.10990.45480.050.01340.36620.05860.351722.437716.30616.7547
64.01541.18835.07921.02283.1979.2509-0.04550.4178-0.2908-0.05830.1306-0.11860.05290.5945-0.03760.4299-0.04130.00780.29690.04750.43912.906618.63554.1225
74.04041.7641.2643.43221.09874.35060.09740.28630.2701-0.2446-0.1016-0.1373-0.24210.41460.04920.52330.02320.04360.48560.1160.423420.852126.97657.2057
82.1054-0.20251.12921.40190.87882.3749-0.0929-0.7582-0.13290.280.05380.02950.0653-0.26970.01640.4819-0.0249-0.00330.82390.05590.350613.179831.614336.1265
93.4446-0.28034.02991.62191.46248.3006-0.89220.10110.7544-0.04050.10830.4482-1.4633-0.41570.80870.8170.048-0.12810.73470.10040.528815.343250.235733.0644
103.07410.7110.67783.11670.46932.4225-0.1039-0.91590.16410.48570.0782-0.1226-0.2858-0.04090.00590.58610.1372-0.09460.8334-0.02290.47318.696542.881646.0285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 78 through 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 178 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 179 through 211 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 212 through 266 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 267 through 333 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 79 through 243 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 244 through 315 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 316 through 501 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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