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- PDB-5lvu: XiaF (apo) from Streptomyces sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lvu
タイトルXiaF (apo) from Streptomyces sp.
要素XiaF protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / detoxification / non-canonical flavin-dependent terpenoid cyclase / xenobiotics-degrading enzyme / indigo / indirubin
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kugel, S. / Baunach, M. / Baer, P. / Ishida-Ito, M. / Sundaram, S. / Xu, Z. / Groll, M. / Hertweck, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB749 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cryptic indole hydroxylation by a non-canonical terpenoid cyclase parallels bacterial xenobiotic detoxification.
著者: Kugel, S. / Baunach, M. / Baer, P. / Ishida-Ito, M. / Sundaram, S. / Xu, Z. / Groll, M. / Hertweck, C.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XiaF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4323
ポリマ－44,2401
非ポリマー1922
水1,11762
1
A: XiaF protein
ヘテロ分子

A: XiaF protein
ヘテロ分子

A: XiaF protein
ヘテロ分子

A: XiaF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,72812
ポリマ－176,9594
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
Buried area15640 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area54210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.540, 166.540, 98.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 XiaF protein


分子量: 44239.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: xiaF / プラスミド: pXU520 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: I7IIA9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.1 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 25318 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JBR

2jbr


解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 13.773 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.204 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21759 1265 5 %RANDOM
Rwork0.18223 ---
obs0.18398 24035 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20.9 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 10 62 3026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0193023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7881.9544123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68936555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1315392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.31922.362127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.46815457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.511530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.276.0641571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2336.0631570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it39.0921962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other39.0931963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2646.3611451
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2566.371443
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7449.4412149
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.55448.213389
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.38148.1363372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.55435888
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.471538
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.44355854
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 88 -
Rwork0.251 1684 -
obs--99.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.2099 Å / Origin y: -55.106 Å / Origin z: -1.4247 Å
111213212223313233
T0.0335 Å2-0.0336 Å20.0014 Å2-0.0409 Å20.0027 Å2--0.0046 Å2
L0.0177 °20.0181 °2-0.0542 °2-0.194 °2-0.0771 °2--0.1826 °2
S0.0051 Å °0.0013 Å °0.0022 Å °-0.0197 Å °0.0033 Å °-0.0112 Å °-0.0306 Å °0.0145 Å °-0.0084 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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