PDB-5mr6: XiaF from Streptomyces sp. in complex with FADH2 and Glycerol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mr6

タイトル

XiaF from Streptomyces sp. in complex with FADH2 and Glycerol

要素

XiaF protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / detoxification / non-canonical flavin-dependent terpenoid cyclase / xenobiotics-degrading enzyme / indigo / indirubin

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kugel, S. / Baunach, M. / Baer, P. / Ishida-Ito, M. / Sundaram, S. / Xu, Z. / Groll, M. / Hertweck, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cryptic indole hydroxylation by a non-canonical terpenoid cyclase parallels bacterial xenobiotic detoxification.
著者: Kugel, S. / Baunach, M. / Baer, P. / Ishida-Ito, M. / Sundaram, S. / Xu, Z. / Groll, M. / Hertweck, C.

履歴

登録	2016年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	5lvuC 5lvwSC 2jbr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lvw-1 5lvu-1 2im5-d 5xdg-d 6u76-1 6qyh-1 5xde-d 6o6q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XiaF protein

B: XiaF protein

C: XiaF protein

D: XiaF protein

E: XiaF protein

F: XiaF protein

G: XiaF protein

H: XiaF protein

I: XiaF protein

J: XiaF protein

K: XiaF protein

L: XiaF protein

M: XiaF protein

N: XiaF protein

O: XiaF protein

P: XiaF protein

Q: XiaF protein

R: XiaF protein

S: XiaF protein

T: XiaF protein

U: XiaF protein

V: XiaF protein

W: XiaF protein

X: XiaF protein

ヘテロ分子

1.08 MDa, 24 ポリマー
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1

E: XiaF protein

F: XiaF protein

G: XiaF protein

H: XiaF protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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2

I: XiaF protein

J: XiaF protein

K: XiaF protein

L: XiaF protein

ヘテロ分子

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180 kDa, 4 ポリマー
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3

M: XiaF protein

N: XiaF protein

O: XiaF protein

P: XiaF protein

ヘテロ分子

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4

Q: XiaF protein

R: XiaF protein

S: XiaF protein

T: XiaF protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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5

U: XiaF protein

V: XiaF protein

W: XiaF protein

X: XiaF protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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6

A: XiaF protein

B: XiaF protein

C: XiaF protein

D: XiaF protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.930, 167.090, 200.940
Angle α, β, γ (deg.)	89.96, 90.18, 119.82
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 400
2	1	1	1	B	1 - 400
3	1	1	1	C	1 - 400
4	1	1	1	D	1 - 400
5	1	1	1	E	1 - 400
6	1	1	1	F	1 - 400
7	1	1	1	G	1 - 400
8	1	1	1	H	1 - 400
9	1	1	1	I	1 - 400
10	1	1	1	J	1 - 400
11	1	1	1	K	1 - 400
12	1	1	1	L	1 - 400
13	1	1	1	M	1 - 400
14	1	1	1	N	1 - 400
15	1	1	1	O	1 - 400
16	1	1	1	P	1 - 400
17	1	1	1	Q	1 - 400
18	1	1	1	R	1 - 400
19	1	1	1	S	1 - 400
20	1	1	1	T	1 - 400
21	1	1	1	U	1 - 400
22	1	1	1	V	1 - 400
23	1	1	1	W	1 - 400
24	1	1	1	X	1 - 400

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1, 1), (1, 1), (1)	1
2	given	(2, -0.999996, -0.002745), (2, 0.002748, -0.999987), (2, 0.000765, 0.004357)	0.000777, 0.004355, 0.99999
3	given	(3, -0.496775, -0.867875), (3, -0.86788, 0.496771), (3, 0.000144, -0.003307)	0.002798, -0.001767, -0.999995
4	given	(4, 0.497612, 0.867399), (4, 0.867398, -0.497613), (4, -0.001763, -0.000279)	-0.00112, -0.00139, -0.999998
5	given	(5, 0.999987, -0.004969), (5, 0.00497, 0.999987), (5, 0.000699, -0.000874)	-0.000703, 0.000871, 0.999999
6	given	(6, -0.999995, 0.002958), (6, -0.002953, -0.999986), (6, 0.001035, 0.004469)	0.001022, 0.004472, 0.999989
7	given	(7, -0.500944, -0.865478), (7, -0.865479, 0.500945), (7, -0.000676, -0.001554)	0.001683, -0.000194, -0.999999
8	given	(8, 0.502796, 0.864405), (8, 0.864404, -0.502797), (8, -0.001479, -3.6E-5)	-0.000775, -0.001261, -0.999999
9	given	(9, 0.496934, -0.867788), (9, -0.867779, -0.496932), (9, 0.003985, 0.001589)	0.000601, -0.004247, -0.999991
10	given	(10, -0.49551, 0.8686), (10, 0.868598, 0.495513), (10, 0.002782, -0.000759)	-0.002038, 0.00204, -0.999996
11	given	(11, 0.508448, 0.861088), (11, -0.86108, 0.508456), (11, -0.004674, -0.00072)	0.002996, -0.003658, 0.999989
12	given	(12, -0.507972, -0.861367), (12, 0.861355, -0.507982), (12, -0.00561, -0.00052)	-0.003298, 0.004568, 0.999984
13	given	(13, 0.499456, -0.866338), (13, -0.866329, -0.499458), (13, 0.00432, 0.000673)	0.001575, -0.004079, -0.99999
14	given	(14, -0.498841, 0.866687), (14, 0.866684, 0.49885), (14, 0.00411, -0.001517)	-0.003365, 0.002806, -0.99999
15	given	(15, 0.507552, 0.861618), (15, -0.861603, 0.507557), (15, -0.005602, 0.000738)	0.002208, -0.005201, 0.999984
16	given	(16, -0.504714, -0.863284), (16, 0.863274, -0.504719), (16, -0.004705, 2.4E-5)	-0.002354, 0.004074, 0.999989
17	given	(17, -0.999985, -0.005134), (17, -0.005142, 0.99998), (17, 0.002077, 0.003683)	-0.002096, 0.003673, -0.999991
18	given	(18, 0.999995, 0.001216), (18, 0.001228, -0.99999), (18, 0.00283, 0.004287)	0.002835, -0.004284, -0.999987
19	given	(19, 0.49807, -0.867136), (19, 0.867136, 0.498068), (19, -0.000902, -0.00187)	-0.001172, 0.001714, 0.999998
20	given	(20, -0.499699, 0.866198), (20, -0.866198, -0.499697), (20, -0.001277, -0.001954)	0.001054, -0.002083, 0.999997
21	given	(21, -0.999984, -0.005103), (21, -0.00511, 0.999983), (21, 0.002298, 0.00289)	-0.002313, 0.002879, -0.999993
22	given	(22, 0.999983, 0.004511), (22, 0.00453, -0.999975), (22, 0.00355, 0.005395)	0.003575, -0.005379, -0.999979
23	given	(23, 0.500445, -0.865767), (23, 0.865766, 0.500441), (23, -0.001816, -0.002288)	-0.001073, 0.002717, 0.999996
24	given	(24, -0.502269, 0.864711), (24, -0.86471, -0.502268), (24, -0.001237, -0.001236)	0.000447, -0.00169, 0.999998

#1: タンパク質	... XiaF protein 分子量: 44239.750 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: xiaF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7IIA9
#2: 化合物	... ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, 0.1 M NaCl, 0.1 M NADH, 0.15 M FAD, 10% Glycerol, anaerobic crystallization 0.0005 mM XiaP (protein, reductase)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 703582 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LVW

5lvw

解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 16.185 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22881	35038	5 %	RANDOM
R_work	0.19822	-	-	-
obs	0.19975	665721	95.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.471 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	0.62 Å²	-1.62 Å²
2-	-	1.08 Å²	0.59 Å²
3-	-	-	-3.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	71448	0	1416	4679	77543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	74424
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	68856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.975	101688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.045	3	158232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.906	5	9480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.934	22.422	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.192	15	11064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.066	15	720
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	11712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	83760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	15768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.884	3.191	37992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.881	3.191	37991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.816	4.779	47448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.816	4.779	47449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.559	3.688	36432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.558	3.688	36432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.369	5.36	54241
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.126	61.422	325830
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.98	61.347	322664
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.931	3	143280
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	31.566	5	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.276	5	144585

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5814 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	2522	-
R_work	0.358	47912	-
obs	-	-	94.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0309	0.0237	-0.0108	0.0923	-0.0355	0.0638	-0.0028	0.0139	-0.0048	0.0013	0.0057	-0.0056	-0.0149	0.0074	-0.0029	0.048	-0.0204	0.0633	0.0142	-0.0251	0.0883	53.7347	-54.2199	-1.241
2	0.0303	0.0274	-0.0056	0.0435	-0.0135	0.0528	-0.0003	0.002	0.0057	-0.004	0.003	0.0027	0.0094	-0.0018	-0.0027	0.0437	-0.021	0.0603	0.0104	-0.0294	0.0882	30.6645	-88.608	-1.1667
3	0.0557	0.0102	-0.026	0.0095	0.0178	0.1027	0.0035	-0.0114	-0.0015	-0	-0.0013	0	-0.0054	-0.0046	-0.0022	0.0403	-0.0168	0.0619	0.0141	-0.0243	0.0961	21.5957	-72.8646	35.0752
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23	0.0697	-0.0092	-0.0275	0.016	-0.0163	0.0409	0.0021	0.0059	-0.0027	0.002	-0.0003	0.0041	-0.0013	0.0067	-0.0018	0.0422	-0.0146	0.0623	0.031	-0.0265	0.0931	157.1164	-66.3446	160.5852
24	0.0574	0.0274	0.0455	0.023	0.0069	0.0804	0.0028	0.0015	0.0112	-0.0062	0.0035	-0.0048	-0.0028	-0.013	-0.0063	0.0388	-0.0159	0.0595	0.0257	-0.023	0.0921	115.8904	-63.5264	160.5267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 602
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 602
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 602
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 602
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 602
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 602
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 602
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 602
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14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	2 - 602
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	X	2 - 602

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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