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Yorodumi- PDB-6h3p: Crystal structure of the cytoplasmic chorismate mutase from Zea mays -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h3p | ||||||
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Title | Crystal structure of the cytoplasmic chorismate mutase from Zea mays | ||||||
Components | Chorismate mutase | ||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / Chorismate mutase / Zea mays | ||||||
Function / homology | Function and homology information chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zea mays (maize) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Altegoer, F. / Bange, G. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2019 Title: A kiwellin disarms the metabolic activity of a secreted fungal virulence factor. Authors: Han, X. / Altegoer, F. / Steinchen, W. / Binnebesel, L. / Schuhmacher, J. / Glatter, T. / Giammarinaro, P.I. / Djamei, A. / Rensing, S.A. / Reissmann, S. / Kahmann, R. / Bange, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h3p.cif.gz | 207.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6h3p.ent.gz | 169.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h3p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6h3p_validation.pdf.gz | 435.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6h3p_full_validation.pdf.gz | 442 KB | Display | |
Data in XML | 6h3p_validation.xml.gz | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6h3p_validation.cif.gz | 28.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3p | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6fpfC 6fpgC 6hjwC 3csmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28377.420 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zea mays (maize) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: B4FAF1, UniProt: B4FUP5*PLUS, chorismate mutase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.72 Å3/Da / Density % sol: 66.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M Sodiumacetate, 24 % PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 7, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→45.77 Å / Num. obs: 23339 / % possible obs: 99.92 % / Redundancy: 11.4 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.34 / Net I/σ(I): 7.26 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.79 Å / Redundancy: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.628 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 2321 / CC1/2: 0.582 / % possible all: 99.91 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CSM Resolution: 2.7→45.76 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→45.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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