PDB-6hjm: Myxococcus xanthus MglB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hjm

タイトル

Myxococcus xanthus MglB

要素

MglB

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) /

Small GTPase (低分子量GTPアーゼ) / guanyl-nucleotide exchange factor (GEF)

機能・相同性

Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / positive regulation of TOR signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / molecular adaptor activity / Dynein regulation protein LC7

機能・相同性情報

生物種

Myxococcus xanthus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Varela, P.F. / Navaza, J. / Trapani, S. / Cherfils, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: MglA functions as a three-state GTPase to control movement reversals of Myxococcus xanthus.
著者: Galicia, C. / Lhospice, S. / Varela, P.F. / Trapani, S. / Zhang, W. / Navaza, J. / Herrou, J. / Mignot, T. / Cherfils, J.

履歴

登録	2018年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hjm.cif.gz	976 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hjm.ent.gz	816.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hjm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h17C 6h35C 6h5bC 6hjhC 6hjoC 3t1sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5efw-d 4lhn-d 3esl-2 3m7h-1 6l6d-1 6pdb-d 3m7j-2 4uav-d 4exl-2 4zu7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MglB

B: MglB

E: MglB

F: MglB

C: MglB

D: MglB

G: MglB

H: MglB

I: MglB

J: MglB

M: MglB

N: MglB

Q: MglB

R: MglB

K: MglB

L: MglB

O: MglB

P: MglB

S: MglB

T: MglB

413 kDa, 20 ポリマー
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1

A: MglB

B: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Tetramere or dimers in function of the concentration
41.3 kDa, 2 ポリマー
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2

E: MglB

F: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: MglB

D: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: MglB

H: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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5

I: MglB

J: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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6

M: MglB

N: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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7

Q: MglB

R: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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8

K: MglB

L: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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9

O: MglB

P: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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10

S: MglB

T: MglB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	119.783, 139.599, 179.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MglB 分子量: 20631.244 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: mglB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50883
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES, 0.15M Ammonium sulphate, 15% PEG 4000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→45.41 Å / Num. obs: 118348 / % possible obs: 73 % / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 52.45 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08658 / R_rim(I) all: 0.09194 / Net I/σ(I): 15.36
反射シェル	解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 1.925 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1124 / R_rim(I) all: 2.043 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T1S

3t1s

解像度: 2.39→45.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.876 / SU R_free Blow DPI: 0.326 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.335

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	4276	4.93 %	RANDOM
R_work	0.249	-	-	-
obs	0.25	86658	72.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3508 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.6689 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3181 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.48 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.39→45.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19033	0	0	293	19326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	19206	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	25881	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		6972	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		530	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2753	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		19206	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.1
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.76
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2653	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		22034	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.45 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	-	4.79 %
R_work	0.237	636	-
all	0.238	668	-
obs	-	-	7.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5834	-1.7088	-0.0399	4.0381	-0.3213	2.1893	0.1087	0.2887	0.2244	-0.4001	-0.1509	0.0523	-0.0942	-0.2224	0.0422	0.0047	0.0299	0.0354	0.0067	-0.0415	-0.2123	50.0498	182.596	258.968
2	2.8435	0.421	0.2039	2.0073	1.3414	1.6372	0.0614	0.1776	0.1614	0.0551	-0.1457	-0.261	-0.027	0.2849	0.0843	-0.1867	0.0076	-0.0512	-0.1357	0.1303	0.0133	80.6341	186.729	222.907
3	2.924	2.5712	0.2241	6.1033	-1.9914	5.109	0.0831	-0.2178	-0.4321	0.0777	-0.0079	0.3221	0.4897	-0.2609	-0.0752	-0.0015	-0.1682	0.0132	0.1025	-0.1296	0.0418	81.0339	125.398	249.748
4	4.3863	-1.2314	1.639	2.5643	-0.4455	1.9801	0.0255	-0.3541	0.0315	0.0827	-0.0481	0.0525	-0.1407	-0.3905	0.0226	-0.1997	0.0267	-0.0076	-0.0726	0.0085	-0.1175	56.4608	194.623	227.668
5	3.4911	1.2439	0.6091	3.5721	0.4677	4.6918	0.0144	-0.0577	0.2219	0.0169	-0.1523	-0.0154	0.2155	0.1635	0.1379	-0.1964	-0.0716	-0.002	-0.0549	-0.1821	-0.0779	89.4426	138.328	231.36
6	4.4945	-2.3996	-0.7509	3.7271	1.1428	2.5309	-0.0959	-0.1658	-0.3628	0.487	0.1442	0.0163	0.235	0.3557	-0.0483	-0.1113	0.0499	0.1124	-0.0488	0.0436	0.1617	122.796	156.486	224.658
7	1.5296	1.2452	-1.0106	7.9024	1.4874	0.8769	0.0506	-0.2326	0.3421	0.0975	-0.1157	-0.2275	-0.4159	0.1854	0.0651	0.2263	-0.1385	-0.179	0.0812	-0.1097	0.3774	99.3599	226.351	253.932
8	8.2757	0.4648	-0.1452	4.5624	-1.4752	1.9321	-0.0406	0.0403	-0.5855	0.0684	-0.1942	0.4233	0.0964	-0.1161	0.2348	-0.2335	0.024	0.1324	-0.1658	-0.0684	0.1301	99.2461	165.031	221.415
9	1.3437	0.7826	0.7513	1.7347	-1.4885	4.0386	-0.0455	0.0591	0.4196	-0.0306	-0.0325	0.0209	-0.1868	-0.1106	0.0779	-0.2297	-0.0239	0.0573	-0.1452	0.0682	0.1734	88.8582	213.381	234.884
10	4.112	0.4356	0.4544	4.6531	-1.1773	3.6989	-0.0156	0.037	-0.1397	0.1131	0.0217	0.1644	0.0841	-0.2576	-0.006	-0.1637	-0.0142	-0.0364	-0.1699	-0.0823	-0.0812	56.2613	164.338	226.725
11	3.2218	0.9838	-0.0001	3.4224	0.8784	2.7945	0.1248	-0.4359	0.3281	0.3733	-0.0193	-0.2156	-0.0981	0.1178	-0.1055	0.0182	-0.1291	0.0015	0.1893	-0.0528	-0.1653	71.6713	182.345	281.226
12	1.3499	1.4721	0.0214	1.8709	1.5078	5.3087	-0.0049	0.5669	-0.1657	-0.5843	-0.1098	-0.0009	0.2274	-0.0953	0.1147	0.0782	0.0507	-0.018	0.0793	-0.0891	-0.0382	62.4048	172.122	204.259
13	2.2998	-1.886	0.0654	3.0892	-1.8781	3.0597	0.0666	0.5001	0.4402	-0.3772	-0.0245	0.0027	0.2794	-0.1386	-0.0421	-0.0481	0.0696	-0.016	0.2078	0.1282	-0.1604	116.306	187.052	254.185
14	4.4042	1.7521	0.5111	5.707	1.8291	5.6597	-0.0987	0.1042	0.377	-0.0249	0.1521	-0.181	-0.3153	0.6077	-0.0534	-0.0274	-0.1562	0.0197	0.071	0.1857	-0.0981	123.949	187.015	225.424
15	0.3881	1.3123	0.0783	2.755	-2.6543	7.6063	0.0158	0.589	0.1048	-0.3448	-0.2984	0.0956	-0.3847	0.4297	0.2826	0.082	-0.0473	0.0004	0.4041	0.2166	-0.0554	116.752	180.33	202.696
16	6.9756	-1.6272	-0.9055	2.7839	3.1001	5.1355	-0.1154	-0.0984	0.2815	0.0988	0.1212	0.0837	-0.4276	-0.0948	-0.0058	-0.0841	0.0617	-0.1012	-0.1281	-0.0946	-0.1592	90.4664	151.141	261.777
17	6.7186	-1.0882	0.3657	2.2924	0.8462	3.0831	-0.0486	0.3374	0.0874	0.2485	0.1335	-0.3164	0.1308	0.5456	-0.0849	-0.1198	0.0231	-0.1107	0.1565	-0.2565	-0.0664	111.032	138.33	253.578
18	5.5	0.0501	0.608	2.8697	-0.4642	4.941	-0.121	-0.5639	0.098	0.2164	0.1123	-0.2109	0.2223	-0.2234	0.0087	-0.0734	0.0087	0.0591	-0.0711	-0.0969	-0.1628	91.2569	197.61	264.029
19	3.6333	-1.5081	-0.4695	3.2041	-0.8911	2.951	-0.0798	-0.2123	0.3482	0.4089	0.0619	0.4336	-0.1881	-0.5633	0.0179	-0.0945	0.0196	0.1319	0.1705	-0.1569	0.1773	70.482	210.13	257.079
20	2.8617	-1.4366	-0.1001	4.4552	1.5424	4.2541	0.1601	0.5996	-0.6017	-0.4076	-0.1462	0.0597	-0.0329	0.3974	-0.0139	-0.0741	0.0663	-0.0188	0.0652	-0.1023	-0.1422	64.8377	162.764	255.574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ N\|10 - N\|132 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|6 - A\|133 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ O\|12 - O\|130 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|8 - B\|133 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ P\|8 - P\|132 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|6 - C\|131 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ Q\|10 - Q\|131 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|12 - D\|131 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ R\|7 - R\|131 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ E\|10 - E\|132 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ S\|5 - S\|131 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ F\|12 - F\|131 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ T\|6 - T\|131 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ G\|6 - G\|131 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ H\|11 - H\|131 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ I\|7 - I\|133 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ J\|7 - J\|130 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ K\|12 - K\|130 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ L\|10 - L\|132 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ M\|9 - M\|133 }

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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