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- PDB-5efw: Crystal structure of LOV2-Zdk1 - the complex of oat LOV2 and the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5efw
タイトルCrystal structure of LOV2-Zdk1 - the complex of oat LOV2 and the affibody protein Zdark1
要素
  • NPH1-1
  • Z-dark, a small protein based on the Z domain affibody
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / photoreceptor / affibody / optogenetic tool
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin FC, subunit C / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. ...Immunoglobulin FC, subunit C / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Avena sativa (エンバク)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Winkler, A. / Wang, H. / Hartmann, E. / Hahn, K. / Schlichting, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFOR1279 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2016
タイトル: LOVTRAP: an optogenetic system for photoinduced protein dissociation.
著者: Wang, H. / Vilela, M. / Winkler, A. / Tarnawski, M. / Schlichting, I. / Yumerefendi, H. / Kuhlman, B. / Liu, R. / Danuser, G. / Hahn, K.M.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPH1-1
B: Z-dark, a small protein based on the Z domain affibody
C: Z-dark, a small protein based on the Z domain affibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,79510
ポリマ－29,7623
非ポリマー1,0337
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area12330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.700, 54.700, 188.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NPH1-1


分子量: 16631.729 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 404-546 / 変異: C450A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cys450Ala mutation introduced to render the protein light inactive
由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 遺伝子: NPH1-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O49003
#2: タンパク質 Z-dark, a small protein based on the Z domain affibody


分子量: 6565.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Selected from an in vitro selection from a protein domain library using mRNA display based on the Z domain
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 17450 / Num. obs: 17450 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 30.74 Å2 / Rmerge F obs: 0.111 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 100397
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1-2.26.30.4110.5283.2613973222122200.577100
2.2-2.30.2990.4064.411357184818460.44499.9
2.3-2.40.2470.2975.629309156915670.32799.9
2.4-2.50.2010.2526.47509133713340.27999.8
2.5-2.60.1640.2197.416574114111380.24199.7
2.6-2.70.1440.1858.6157329549530.20399.9
2.7-40.0720.09313.7131686573856910.10399.2
4-100.0390.06519.3213231253624970.07298.5
100.0320.0720.610262152040.07794.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.28 Å
Translation2.5 Å47.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Coot2.4.0モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v1a, 1lp1

2v1a

1lp1


解像度: 2.1→47.28 Å / FOM work R set: 0.8387 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2566 873 5 %Random selection
Rwork0.2018 16572 --
obs0.2045 17445 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.65 Å2 / Biso mean: 32.36 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1951 0 61 94 2106
Biso mean--41.74 37.77 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0642777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.312777
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1001-2.23170.29011410.231526852826100
2.2317-2.4040.28911430.222927162859100
2.404-2.64590.2941440.232727212865100
2.6459-3.02870.31031440.23592749289399
3.0287-3.81560.24661460.19162760290699
3.8156-47.29170.21351550.17512941309698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9375-0.7565-0.07273.0123-0.20533.425-0.1253-0.1065-0.21890.08810.0878-0.01850.12460.02450.0130.109-0.0003-0.01030.18270.01050.16340.368110.4853-17.2964
25.272-5.06213.28855.6885-4.78795.92-0.4294-0.56110.38240.90870.3318-0.741-0.31010.00970.02630.20780.0122-0.03030.3467-0.0580.20899.906113.8979-8.6443
33.7828-1.3458-0.52553.662-0.04121.97370.01130.010.51040.0674-0.1639-0.2423-0.33960.06790.12320.35230.0422-0.03940.1514-0.05170.2277-4.81733.2714-24.6081
45.5117-1.79441.85153.8448-1.67494.06480.0110.37320.1719-0.3416-0.069-0.2172-0.36220.14370.06340.339-0.04120.01070.235-0.01660.1519-3.150630.0238-39.0141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 406:521)A406 - 521
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 522:546)A522 - 546
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 12:60)C12 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 6:60)B6 - 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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