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- PDB-5efw: Crystal structure of LOV2-Zdk1 - the complex of oat LOV2 and the ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5efw | ||||||
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Title | Crystal structure of LOV2-Zdk1 - the complex of oat LOV2 and the affibody protein Zdark1 | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / LOV domain / photoreceptor / affibody / optogenetic tool | ||||||
Function / homology | ![]() blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Winkler, A. / Wang, H. / Hartmann, E. / Hahn, K. / Schlichting, I. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: LOVTRAP: an optogenetic system for photoinduced protein dissociation. Authors: Wang, H. / Vilela, M. / Winkler, A. / Tarnawski, M. / Schlichting, I. / Yumerefendi, H. / Kuhlman, B. / Liu, R. / Danuser, G. / Hahn, K.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 117.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 89.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 779.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 780.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5djtC ![]() 5djuC ![]() 1lp1S ![]() 2v1aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16631.729 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 404-546 / Mutation: C450A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Cys450Ala mutation introduced to render the protein light inactive Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Protein | Mass: 6565.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Selected from an in vitro selection from a protein domain library using mRNA display based on the Z domain Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-FMN / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.17 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.5 / Details: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 3.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 16, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 17450 / Num. obs: 17450 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 30.74 Å2 / Rmerge F obs: 0.111 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 100397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2v1a, 1lp1 Resolution: 2.1→47.28 Å / FOM work R set: 0.8387 / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / Phase error: 22.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.65 Å2 / Biso mean: 32.36 Å2 / Biso min: 10.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→47.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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