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- PDB-6h05: Cryo-electron microscopic structure of the dihydrolipoamide succi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h05
タイトルCryo-electron microscopic structure of the dihydrolipoamide succinyltransferase (E2) component of the human alpha-ketoglutarate (2-oxoglutarate) dehydrogenase complex [residues 218-453]
要素Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / dihydrolipoamide succinyltransferase / E2 component
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-CoA metabolic process / : / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / oxoglutarate dehydrogenase complex / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / Lysine catabolism / Citric acid cycle (TCA cycle) / 2-oxoglutarate metabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation ...succinyl-CoA metabolic process / : / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / oxoglutarate dehydrogenase complex / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / Lysine catabolism / Citric acid cycle (TCA cycle) / 2-oxoglutarate metabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / acyltransferase activity / centriolar satellite / クエン酸回路 / generation of precursor metabolites and energy / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide succinyltransferase / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment ...Dihydrolipoamide succinyltransferase / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nagy, B. / Zambo, Z. / Hubert, A. / Polak, M. / Nemeria, N.S. / Novacek, J. / Jordan, F. / Adam-Vizi, V. / Ambrus, A.
資金援助 ハンガリー, 米国, 6件
組織認可番号国
Hungarian Academy of SciencesMTA grant 02001 (to Vera Adam-Vizi) ハンガリー
Hungarian Academy of SciencesOTKA grant 112230 (to Vera Adam-Vizi) ハンガリー
Hungarian Academy of SciencesNAP grant KTIA_13_NAP-A-III/6 (to Vera Adam-Vizi) ハンガリー
Hungarian Academy of SciencesNAP 2 grant 2017-1.2.1-NKP- 2017-00002 (to Vera Adam-Vizi) ハンガリー
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-GM-050380 (to Frank Jordan) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R15-GM116077 (to Frank Jordan) 米国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Structure of the dihydrolipoamide succinyltransferase (E2) component of the human alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (hKGDHc) revealed by cryo-EM and cross-linking mass ...タイトル: Structure of the dihydrolipoamide succinyltransferase (E2) component of the human alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (hKGDHc) revealed by cryo-EM and cross-linking mass spectrometry: Implications for the overall hKGDHc structure.
著者: Balint Nagy / Martin Polak / Oliver Ozohanics / Zsofia Zambo / Eszter Szabo / Agnes Hubert / Frank Jordan / Jiří Novaček / Vera Adam-Vizi / Attila Ambrus /
要旨: BACKGROUND: The human mitochondrial alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (hKGDHc) converts KG to succinyl-CoA and NADH. Malfunction of and reactive oxygen species generation by the hKGDHc as ...BACKGROUND: The human mitochondrial alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (hKGDHc) converts KG to succinyl-CoA and NADH. Malfunction of and reactive oxygen species generation by the hKGDHc as well as its E1-E2 subcomplex are implicated in neurodegenerative disorders, ischemia-reperfusion injury, E3-deficiency and cancers.
手法: We performed cryo-EM, cross-linking mass spectrometry (CL-MS) and molecular modeling analyses to determine the structure of the E2 component of the hKGDHc (hE2k); hE2k transfers a succinyl ...手法: We performed cryo-EM, cross-linking mass spectrometry (CL-MS) and molecular modeling analyses to determine the structure of the E2 component of the hKGDHc (hE2k); hE2k transfers a succinyl group to CoA and forms the structural core of hKGDHc. We also assessed the overall structure of the hKGDHc by negative-stain EM and modeling.
RESULTS: We report the 2.9 Å resolution cryo-EM structure of the hE2k component. The cryo-EM map comprises density for hE2k residues 151-386 - the entire (inner) core catalytic domain plus a few ...RESULTS: We report the 2.9 Å resolution cryo-EM structure of the hE2k component. The cryo-EM map comprises density for hE2k residues 151-386 - the entire (inner) core catalytic domain plus a few additional residues -, while residues 1-150 are not observed due to the inherent flexibility of the N-terminal region. The structure of the latter segment was also determined by CL-MS and homology modeling. Negative-stain EM on in vitro assembled hKGDHc and previous data were used to build a putative overall structural model of the hKGDHc.
CONCLUSIONS: The E2 core of the hKGDHc is composed of 24 hE2k chains organized in octahedral (8 × 3 type) assembly. Each lipoyl domain is oriented towards the core domain of an adjacent chain in ...CONCLUSIONS: The E2 core of the hKGDHc is composed of 24 hE2k chains organized in octahedral (8 × 3 type) assembly. Each lipoyl domain is oriented towards the core domain of an adjacent chain in the hE2k homotrimer. hE1k and hE3 are most likely tethered at the edges and faces, respectively, of the cubic hE2k assembly.
GENERAL SIGNIFICANCE: The revealed structural information will support the future pharmacologically targeting of the hKGDHc.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
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  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-0108
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  • マップデータ: EMDB-0108
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5431
ポリマ－45,5431
非ポリマー00
水0
1
A: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,093,03224
ポリマ－1,093,03224
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1
point symmetry operation23
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial / / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E2 / OGDC-E2 / Dihydrolipoamide succinyltransferase ...2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E2 / OGDC-E2 / Dihydrolipoamide succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / E2K


分子量: 45543.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal Twin-Strep (affinity) tag with proteolytic cleavage site and linkers: MASWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKLEVLFQGPG Density was found for 236 residues [218-453]
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLST, DLTS / プラスミド: pET52b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P36957, dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Affinity purified human dihydrolipoamide succinyltransferase
タイプ: COMPLEX
詳細: Protein in 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8.0.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET52b+
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンNH2C(CH2OH)3HCl1
2150 mMSodium clorideNaCl塩化ナトリウム1
31 mMEthylenediaminetetraacetic acidエチレンジアミン四酢酸C10H16N2O81
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was highly purified and monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 48.8 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2cryoSPARC粒子像選択
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1533026
詳細: Manual picking for the templates was performed by the EMAN2 E2boxer program. Automated selection was then applied by CryoSPARC.
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 740101 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: COOT was used for structure manipulations, while MOLPROBITY was applied for validation.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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