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- PDB-6gw9: Concanavalin A structure determined with data from the EuXFEL, th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gw9
タイトルConcanavalin A structure determined with data from the EuXFEL, the first MHz free electron laser
要素Concanavalin V
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Free-electron laser (自由電子レーザー) / serial crystallography / lectin (レクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucose binding / D-mannose binding / vasodilation / manganese ion binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Canavalia cathartica (タカナタマメ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gruenbein, M.L. / Gorel, A. / Stricker, M. / Bean, R. / Bielecki, J. / Doerner, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Letrun, R. ...Gruenbein, M.L. / Gorel, A. / Stricker, M. / Bean, R. / Bielecki, J. / Doerner, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Letrun, R. / Sztuk-Dambietz, J. / Mancuso, A. / Meserschmidt, M. / Nass-Kovacs, G. / Ramilli, M. / Roome, C.M. / Sato, T. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Foucar, L. / Colletier, J.P. / Barends, T.R.M. / Stan, C. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Megahertz data collection from protein microcrystals at an X-ray free-electron laser.
著者: Grunbein, M.L. / Bielecki, J. / Gorel, A. / Stricker, M. / Bean, R. / Cammarata, M. / Dorner, K. / Frohlich, L. / Hartmann, E. / Hauf, S. / Hilpert, M. / Kim, Y. / Kloos, M. / Letrun, R. / ...著者: Grunbein, M.L. / Bielecki, J. / Gorel, A. / Stricker, M. / Bean, R. / Cammarata, M. / Dorner, K. / Frohlich, L. / Hartmann, E. / Hauf, S. / Hilpert, M. / Kim, Y. / Kloos, M. / Letrun, R. / Messerschmidt, M. / Mills, G. / Nass Kovacs, G. / Ramilli, M. / Roome, C.M. / Sato, T. / Scholz, M. / Sliwa, M. / Sztuk-Dambietz, J. / Weik, M. / Weinhausen, B. / Al-Qudami, N. / Boukhelef, D. / Brockhauser, S. / Ehsan, W. / Emons, M. / Esenov, S. / Fangohr, H. / Kaukher, A. / Kluyver, T. / Lederer, M. / Maia, L. / Manetti, M. / Michelat, T. / Munnich, A. / Pallas, F. / Palmer, G. / Previtali, G. / Raab, N. / Silenzi, A. / Szuba, J. / Venkatesan, S. / Wrona, K. / Zhu, J. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Foucar, L. / Colletier, J.P. / Mancuso, A.P. / Barends, T.R.M. / Stan, C.A. / Schlichting, I.
履歴
登録2018年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6873
ポリマ－25,6221
非ポリマー642
水1,29772
1
A: Concanavalin V
ヘテロ分子

A: Concanavalin V
ヘテロ分子

A: Concanavalin V
ヘテロ分子

A: Concanavalin V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,74712
ポリマ－102,4904
非ポリマー2588
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area34580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.800, 88.100, 90.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Concanavalin V / ConV


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia cathartica (タカナタマメ) / 参照: UniProt: C0HJY1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: batch crystallization, acetone

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.66 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.66 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45 Å / Num. obs: 15227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 715 % / R split: 0.128 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / R split: 0.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBC

1jbc


解像度: 2.1→45 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 24.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 708 4.65 %
Rwork0.186 --
obs0.1883 15227 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1777 0 2 72 1851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5772477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.836639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.098-2.260.36671450.292830X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.48740.30941470.24592849X-RAY DIFFRACTION100
2.4874-2.84730.28591210.22772906X-RAY DIFFRACTION100
2.8473-3.58710.23881330.18122918X-RAY DIFFRACTION100
3.5871-45.11040.17661620.13773016X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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