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- PDB-6gms: Solution NMR structure of the major type IV pilin PpdD from enter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gms
タイトルSolution NMR structure of the major type IV pilin PpdD from enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC)
要素Prepilin peptidase-dependent protein D
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / TYPE IV PILIN ADHESION EHEC T4P
機能・相同性Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 生体膜 / Prepilin peptidase-dependent pilin
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Amorim, G.C. / Bardiaux, B. / Luna-Rico, A. / Zeng, W. / Guilvout, I. / Egelman, E. / Nilges, M. / Francetic, O. / Izadi-Pruneyre, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency14-CE09-0004 フランス
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structure and Assembly of the Enterohemorrhagic Escherichia coli Type 4 Pilus.
著者: Benjamin Bardiaux / Gisele Cardoso de Amorim / Areli Luna Rico / Weili Zheng / Ingrid Guilvout / Camille Jollivet / Michael Nilges / Edward H Egelman / Nadia Izadi-Pruneyre / Olivera Francetic /
要旨: Bacterial type 4a pili are dynamic surface filaments that promote bacterial adherence, motility, and macromolecular transport. Their genes are highly conserved among enterobacteria and their ...Bacterial type 4a pili are dynamic surface filaments that promote bacterial adherence, motility, and macromolecular transport. Their genes are highly conserved among enterobacteria and their expression in enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) promotes adhesion to intestinal epithelia and pro-inflammatory signaling. To define the molecular basis of EHEC pilus assembly, we determined the structure of the periplasmic domain of its major subunit PpdD (PpdDp), a prototype of an enterobacterial pilin subfamily containing two disulfide bonds. The structure of PpdDp, determined by NMR, was then docked into the density envelope of purified EHEC pili obtained by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Cryo-EM reconstruction of EHEC pili at ∼8 Å resolution revealed extremely high pilus flexibility correlating with a large extended region of the pilin stem. Systematic mutagenesis combined with functional and interaction analyses identified charged residues essential for pilus assembly. Structural information on exposed regions and interfaces between EHEC pilins is relevant for vaccine and drug discovery.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2014
タイトル: 1H, 15N and 13C resonance assignments of PpdD, a type IV pilin from enterohemorrhagic Escherichia coli.
著者: Amorim, G.C. / Cisneros, D.A. / Delepierre, M. / Francetic, O. / Izadi-Pruneyre, N.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prepilin peptidase-dependent protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2421
ポリマ－14,2421
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Prepilin peptidase-dependent protein D


分子量: 14241.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ECs0112 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X974

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-13C NOESY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D HNHA
1111isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic13D C(CO)NH
2122anisotropic22D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.9 mM [U-13C; U-15N] PpdD, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 12 % D2O, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.9 mM [U-15N] PpdD, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 12 % D20, 10 g/L Pf1-phages, 90% H2O/10% D2Osample_RDC90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMPpdD[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
12 %D2Onatural abundance1
0.9 mMPpdD[U-15N]2
25 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
12 %D20natural abundance2
10 g/LPf1-phagesnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.15 Mcondition_17 1 atm298 K
20.1 Mcondition_RDC7.5 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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