PDB-6gf1: The structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals a nove...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gf1

タイトル

The structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals a novel targeting mechanism for degradation by the 26S proteasome

要素

Ubiquitin D

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

Ubiquitin-like (ユビキチン) / degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

protein modification by small protein conjugation / myeloid dendritic cell differentiation /

aggresome assembly /

aggresome / regulation of mitotic cell cycle phase transition /

proteasome binding / response to type II interferon / response to tumor necrosis factor /

核小体 /

Neddylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.925 Å

データ登録者

Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Roessler, P. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schmidtke, G. ...

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals an alternative targeting mechanism for proteasomal degradation.
著者: Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schutz-Stoffregen, M.C. / Schmidtke, G. / Peter, C. / Groettrup, M. / Wiesner, S.

履歴

登録	2018年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gf1.cif.gz	61.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gf1.ent.gz	44.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gf1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gf1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gf2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v81-d 1rg6-d 3hm3-2 4uz0-2 2mrp-d 3h1u-1 4pzo-6 2v6z-d 6sxw-d 1bod-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin D

B: Ubiquitin D

C: Ubiquitin D

ヘテロ分子

28.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric in solution
9.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ubiquitin D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.172, 116.172, 84.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-258- HOH
2	1	B-259- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin D / / Diubiquitin / Ubiquitin-like protein FAT10 分子量: 9434.912 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBD, FAT10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15205
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 3.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Citric acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→43.254 Å / Num. obs: 64119 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 10 % / Net I/σ(I): 21.38
反射シェル	解像度: 1.925→1.994 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.925→43.254 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 24.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2331	3204	5 %
R_work	0.2098	-	-
obs	0.211	64119	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.925→43.254 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1785	0	30	127	1942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1840
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81	2499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.002	1126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.925-1.9537	0.4044	127	0.4492	2397	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9537-1.9842	0.4062	132	0.388	2502	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9842-2.0168	0.4651	138	0.3388	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0168-2.0515	0.2779	140	0.2799	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0515-2.0888	0.3149	140	0.2654	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0888-2.129	0.2758	138	0.2463	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.1725	0.2624	142	0.2335	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1725-2.2197	0.2539	140	0.2338	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2197-2.2713	0.272	142	0.2261	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2713-2.3281	0.2466	138	0.2187	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3281-2.3911	0.2306	142	0.2219	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3911-2.4614	0.2949	140	0.2266	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4614-2.5409	0.2548	141	0.215	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5409-2.6317	0.2792	140	0.2148	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6317-2.737	0.2319	142	0.223	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.8616	0.2721	138	0.2303	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8616-3.0124	0.237	142	0.2357	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0124-3.2011	0.2675	140	0.2172	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2011-3.4481	0.2025	142	0.1995	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4481-3.795	0.2105	140	0.1803	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.795-4.3436	0.1931	140	0.1707	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3436-5.4708	0.2223	140	0.1741	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4708-43.2647	0.178	140	0.2055	2667	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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