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万見
- PDB-6gf2: The structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals a nove... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gf2
タイトルThe structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals a novel targeting mechanism for degradation by the 26S proteasome
要素Ubiquitin D
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAT10 / ubiquitin-like modifier / proteasome / degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein modification by small protein conjugation / myeloid dendritic cell differentiation / aggresome assembly / aggresome / regulation of mitotic cell cycle phase transition / proteasome binding / response to tumor necrosis factor / response to type II interferon / fibrillar center / Neddylation ...protein modification by small protein conjugation / myeloid dendritic cell differentiation / aggresome assembly / aggresome / regulation of mitotic cell cycle phase transition / proteasome binding / response to tumor necrosis factor / response to type II interferon / fibrillar center / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin D / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Roessler, P. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schmidtke, G. ...Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Roessler, P. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schmidtke, G. / Peter, C. / Groettrup, M. / Wiesner, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals an alternative targeting mechanism for proteasomal degradation.
著者: Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schutz-Stoffregen, M.C. / Schmidtke, G. / Peter, C. / Groettrup, M. / Wiesner, S.
履歴
登録2018年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2641
ポリマ－9,2641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin D / Diubiquitin / Ubiquitin-like protein FAT10


分子量: 9263.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBD, FAT10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: O15205

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D H(CCO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic22D 1H-1H NOESY
1121isotropic23D 1H-15N NOESY
1111isotropic23D 1H-13C NOESY
1101isotropic23D 1H-13C-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 2.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FAT10 C-domain, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: s_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMFAT10 C-domain[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.2 M / Label: s_1 / pH: 7.5 / 圧: ambient mbar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XEASYBartels et al.精密化
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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