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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gbv | ||||||
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タイトル | A fast recovering full-length LOV protein (DsLOV) from the marine phototrophic bacterium Dinoroseobacter shibae (Dark state) - M49T mutant | ||||||
要素 | Putative blue-light photoreceptor | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / LIGHT-OXYGEN-VOLTAGE / LOV / PAS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Dinoroseobacter shibae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Granzin, J. / Batra-Safferling, R. / Roellen, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018 タイトル: Mechanistic Basis of the Fast Dark Recovery of the Short LOV Protein DsLOV from Dinoroseobacter shibae. 著者: Fettweiss, T. / Rollen, K. / Granzin, J. / Reiners, O. / Endres, S. / Drepper, T. / Willbold, D. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Krauss, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gbv.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gbv.ent.gz | 46.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/6gbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/6gbv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16830.828 Da / 分子数: 1 / 変異: M49T / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C-terminal hexa-histidine-tagged fusion proteins (tag sequence: LEHHHHHH) in E. coli BL21(DE3) 由来: (組換発現) Dinoroseobacter shibae (strain DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12) (バクテリア) 株: DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12 / 遺伝子: Dshi_2006 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A8LP63 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.31 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium, 0.8 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8 M Potassium phosphate monobasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→45.52 Å / Num. obs: 15724 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 760 / CC1/2: 0.699 / Rrim(I) all: 0.794 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KUK 解像度: 1.63→26.2 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→26.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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