PDB-6gay: A fast recovering full-length LOV protein (DsLOV) from the marine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gay

タイトル

A fast recovering full-length LOV protein (DsLOV) from the marine phototrophic bacterium Dinoroseobacter shibae (Dark state) - M49I mutant

要素

Putative blue-light photoreceptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LIGHT-OXYGEN-VOLTAGE / LOV / PAS

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Dinoroseobacter shibae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Granzin, J. / Batra-Safferling, R. / Roellen, K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Mechanistic Basis of the Fast Dark Recovery of the Short LOV Protein DsLOV from Dinoroseobacter shibae.
著者: Fettweiss, T. / Rollen, K. / Granzin, J. / Reiners, O. / Endres, S. / Drepper, T. / Willbold, D. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Krauss, U.

履歴

登録	2018年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gay.cif.gz	112.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gay.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gay.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/6gay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/6gay	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gb3C 6gbaC 6gbvC 4kukS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kme-2 1tn0-2 3har-d 1s51-1 1xji-d 1vjm-d 3haq-d 3han-d 1s51-2 1s53-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative blue-light photoreceptor

B: Putative blue-light photoreceptor

ヘテロ分子

34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.675, 56.675, 156.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-674- HOH

#1: タンパク質	Putative blue-light photoreceptor 分子量: 16842.883 Da / 分子数: 2 / 変異: M49I / 由来タイプ: 組換発現詳細: C-terminal hexa-histidine-tagged fusion proteins (tag sequence: LEHHHHHH) in E. coli BL21(DE3) 由来: (組換発現) Dinoroseobacter shibae (strain DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12) (バクテリア) 株: DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12 / 遺伝子: Dshi_2006 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A8LP63
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.8 % / 解説: tetragonal plates
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Na-acetate, 0.1 M Ammonium sulfate, 0.3 M Sodium formate, 3 % PGA-LM, 5 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→45.89 Å / Num. obs: 22330 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1358 / CC_1/2: 0.894 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155_1692: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KUK

4kuk

解像度: 1.86→45.889 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	1138	5.11 %
R_work	0.1657	-	-
obs	0.1679	22251	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→45.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1724	0	72	135	1931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	1909
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.624	2624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.428	1146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.9447	0.2721	133	0.2254	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9447-2.0472	0.2655	138	0.2035	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0472-2.1755	0.2297	157	0.1822	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1755-2.3434	0.2298	146	0.1701	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3434-2.5792	0.2397	135	0.1867	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5792-2.9524	0.2312	142	0.1884	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9524-3.7194	0.1978	137	0.1545	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7194-45.9025	0.1774	150	0.1443	2845	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2459	-2.1439	1.4911	2.4866	0.6541	2.7944	0.1746	0.1713	1.019	-0.0703	0.1328	0.8893	-0.2969	-0.6968	-0.4054	0.2997	0.0501	0.0096	0.3713	-0.0112	0.4353	-10.9456	-5.0429	-13.732
2	7.0549	-5.5276	-0.4293	9.7386	-5.239	7.0592	-0.0679	0.0409	0.1583	-0.2818	-0.0895	-0.8355	-0.0883	0.2496	0.1523	0.2326	-0.0298	0.0288	0.3015	-0.0187	0.2947	5.0071	-4.4615	-19.042
3	4.5028	3.2592	-6.0037	8.2141	-4.1293	8.2926	0.2667	-0.196	0.5333	0.0914	-0.1919	0.3131	-0.7114	-0.233	-0.0151	0.2201	0.0124	-0.0199	0.2107	-0.0425	0.1977	-3.9933	-3.9193	-10.8876
4	4.8713	-5.0996	-3.8658	8.9381	1.8631	8.3688	-0.0148	-0.0019	0.0922	-0.0634	0.2145	0.0099	0.1964	-0.254	-0.2676	0.2139	0.0301	-0.0058	0.3066	-0.005	0.2084	-11.3684	-10.725	-6.4964
5	3.6124	1.2206	-1.1629	0.4494	-0.2598	1.4863	0.0169	-0.3421	-0.2996	0.1783	-0.0901	-0.0999	-0.0218	0.2017	0.113	0.2705	0.0347	-0.0433	0.2535	0.0151	0.2843	-1.5201	-12.1749	-8.9215
6	0.6921	0.0998	0.4811	3.5924	-2.2026	4.9568	0.0535	0.0479	-0.0906	-0.1133	0.049	-0.0805	0.2079	0.1719	-0.0817	0.1832	0.0165	-0.0065	0.2426	-0.0402	0.2337	-5.9861	-16.9943	-21.7033
7	7.0066	5.7775	-1.7083	4.7814	-1.5199	2.4024	-0.0489	0.1717	0.3595	-0.1058	0.1079	0.519	-0.0655	-0.0992	0.0272	0.2159	0.0392	-0.0058	0.2224	-0.0167	0.1899	-11.1169	-9.0747	-20.7269
8	1.9964	-3.202	0.4698	5.8211	-2.3016	3.6075	0.5759	0.1947	2.5989	-0.1386	0.2809	0.853	-1.4961	0.2828	-0.7464	0.5861	-0.0818	0.0774	0.3356	0.067	0.7027	-2.932	9.6442	-25.8094
9	8.433	7.3572	-4.9034	7.6585	-5.8456	7.045	0.4371	-0.3991	0.2022	0.349	-0.4458	0.1342	-0.2551	0.1744	-0.0121	0.1604	0.0426	-0.0056	0.1766	-0.0245	0.1813	-10.1307	-9.8624	-17.7418
10	3.523	-0.7544	-4.6126	2.1901	0.8847	6.5789	-0.1022	0.3663	-0.0101	-0.0481	0.6646	-0.4755	0.6901	1.0302	-0.4668	0.2366	0.0146	0.0012	0.3274	-0.1016	0.3021	-2.8189	-13.3146	-19.7363
11	6.0207	-1.6596	1.4941	8.9302	-4.6114	7.3791	-0.1943	0.3304	-0.3248	-0.3807	0.2211	0.0143	0.4004	0.0872	0.0183	0.3265	-0.065	-0.0193	0.3512	-0.096	0.3059	-19.8308	-21.2072	-41.9003
12	5.0164	4.9246	-6.4598	6.5553	-6.7441	8.7413	-0.3304	1.43	1.2278	0.0413	0.2681	0.4748	-0.6869	0.1338	-0.0363	0.3649	-0.1204	-0.0627	0.3878	0.0925	0.3629	-24.1745	-9.3251	-46.1904
13	8.9686	-4.7321	8.1374	7.8815	-5.1785	7.5997	0.3104	1.2989	0.2235	-0.883	-0.0957	0.0306	1.0613	0.4219	-0.1722	0.4729	-0.1352	0.0358	0.6591	-0.0182	0.276	-19.3268	-16.6337	-51.3961
14	2.3739	1.5012	-0.4661	1.8273	-2.488	5.6924	-0.0714	0.3769	-0.021	-0.188	-0.0185	-0.1811	0.0766	0.3362	0.0843	0.2561	0.0248	0.059	0.3878	-0.0536	0.2428	-6.7444	-14.1093	-39.1993
15	3.1977	0.5782	-0.5302	4.0641	-1.3086	4.3299	0.0062	0.142	-0.0871	-0.0645	0.1723	0.1458	0.1245	0.0517	-0.1602	0.1536	0.0108	-0.0078	0.206	-0.0294	0.1889	-16.1	-14.7883	-35.6543
16	6.9562	-2.0568	0.6114	3.7225	-1.2632	8.4278	-0.0986	0.2199	0.1201	-0.8681	0.1533	-0.1885	-0.1422	-0.0787	-0.085	0.211	0.0084	-0.0182	0.2876	-0.0298	0.2128	-18.5249	-13.7726	-37.0848
17	8.9657	-0.0452	2.4535	9.043	-0.8743	7.9904	-0.2994	0.8889	-0.0364	-0.2727	-0.0482	-0.1877	0.4361	0.1078	0.2895	0.2626	-0.0589	0.0133	0.4036	-0.0711	0.2544	-11.3322	-16.7974	-40.2354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 60 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 61 through 75 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 76 through 110 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 111 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 127 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 128 through 141 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 500 through 500 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 34 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 54 through 60 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 61 through 71 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 72 through 93 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 94 through 127 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 128 through 141 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 500 through 500 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見 (Yorodumi)