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万見
- PDB-3har: Crystal structure of bacteriorhodopsin mutant I148V crystallized ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3har
タイトルCrystal structure of bacteriorhodopsin mutant I148V crystallized from bicelles
要素Bacteriorhodopsin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / bacteriorhodopsin / packing force / van der Waals / evolutionary constraint / membrane protein / integral membrane protein / helical membrane protein / proton transport / Cell membrane / Chromophore / Hydrogen ion transport / Ion transport / Membrane / Photoreceptor protein / Pyrrolidone carboxylic acid / Receptor / Retinal protein / Sensory transduction / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joh, N.H. / Yang, D. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Similar energetic contributions of packing in the core of membrane and water-soluble proteins.
著者: Joh, N.H. / Oberai, A. / Yang, D. / Whitelegge, J.P. / Bowie, J.U.
履歴
登録2009年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8153
ポリマ－26,9151
非ポリマー8992
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.078, 102.418, 128.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR


分子量: 26915.473 Da / 分子数: 1 / 変異: I148V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 株 (発現宿主): L33 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 310 K / 手法: ハンギングドロップ法, bicelle method / pH: 3.8
詳細: 1.92 M sodium phosphate, 180 mM 1,6-hexanediol, 3.5 % triethylene glycol, PFPC used as cryoprotectant, pH 3.8, hanging drop, bicelle method, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月12日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→95 Å / Num. obs: 31173 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 16.38
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Num. unique all: 1976 / Χ2: 1.076 / % possible all: 60.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→51.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.439 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2423 7.8 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 31134 93.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.22 Å2 / Biso mean: 19.084 Å2 / Biso min: 9.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1830 0 47 133 2010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4522.0092695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8125262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5182260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66215316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.205158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21434
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7171.51201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14121908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9943881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8484.5768
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 117 -
Rwork0.249 1279 -
all-1396 -
obs--57.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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