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- PDB-6fyx: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ... -

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エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6fyx
タイトルStructure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1)
構成要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 17
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 9
  • 18S ribosomal RNA
  • 60S ribosomal protein L41-Aリボソーム
  • KLLA0A07194p
  • KLLA0A10483p
  • KLLA0B01474p
  • KLLA0B01562p
  • KLLA0B06182p
  • KLLA0B08173p
  • KLLA0B11231p
  • KLLA0D08305p
  • KLLA0D10659p
  • KLLA0E12277p
  • KLLA0E23673p
  • KLLA0F07843p
  • KLLA0F09812p
  • KLLA0F18040p
  • KLLA0F25542p
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • eIF3c,eIF3c
  • mRNA (31-MER)
  • tRNAi
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / initiation factors / 40S / eIF1A / eIF3 / eIF2 / eIF5 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit
機能・相同性Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / eIF3G, RNA recognition motif / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ubiquitin-like domain superfamily / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S28e conserved site / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / RNA-binding domain superfamily ...Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / eIF3G, RNA recognition motif / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ubiquitin-like domain superfamily / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S28e conserved site / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / RNA-binding domain superfamily / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S10 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / eIF3B, RNA recognition motif / Ribosomal protein S8 superfamily / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / 40S Ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S19e domain superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S4, conserved site / WD40-repeat-containing domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S6e, conserved site / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein S15P / RNA-binding domain, S1 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Ribosomal protein S17, conserved site / ユビキチン / Ubiquitin conserved site / WD40 repeat, conserved site / Elongation factor Tu GTP binding domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Armadillo-type fold / KH domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Ribosomal protein S7 signature. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Plectin/S10 domain / S25 ribosomal protein / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S8 signature. / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Ribosomal protein S3 signature. / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S6e signature.
機能・相同性情報
試料の由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Kluyveromyces lactis (酵母)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.5 Å 分解能
データ登録者Llacer, J.L. / Hussain, T. / Gordiyenko, Y. / Ramakrishnan, V.
資金援助英国 , 3件
組織認可番号
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332英国
Wellcome TrustWT096570英国
FEBS英国
引用ジャーナル: Elife / : 2018
タイトル: Translational initiation factor eIF5 replaces eIF1 on the 40S ribosomal subunit to promote start-codon recognition.
著者: Jose Luis Llácer / Tanweer Hussain / Adesh K Saini / Jagpreet Singh Nanda / Sukhvir Kaur / Yuliya Gordiyenko / Rakesh Kumar / Alan G Hinnebusch / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年3月12日 / 公開: 2018年12月5日

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  • マップデータ: EMDB-4327
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
1: tRNAi
2: 18S ribosomal RNA
3: mRNA (31-MER)
A: 40S ribosomal protein S0
B: 40S ribosomal protein S1
C: KLLA0F09812p
D: KLLA0D08305p
E: 40S ribosomal protein S4
F: KLLA0D10659p
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: KLLA0E23673p
K: KLLA0B08173p
L: KLLA0A10483p
M: 40S ribosomal protein S12
N: KLLA0F18040p
O: 40S ribosomal protein S14
P: KLLA0F07843p
Q: 40S ribosomal protein S16
R: KLLA0B01474p
S: KLLA0B01562p
T: KLLA0A07194p
U: KLLA0F25542p
V: 40S ribosomal protein S21
W: 40S ribosomal protein S22
X: KLLA0B11231p
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: KLLA0B06182p
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: 40S ribosomal protein S28
d: 40S ribosomal protein S29
e: 40S ribosomal protein S30
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
g: KLLA0E12277p
h: 60S ribosomal protein L41-A
i: Eukaryotic translation initiation factor 1A
j: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
k: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
l: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
m: Eukaryotic translation initiation factor 5
o: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
p: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
q: eIF3c,eIF3c
r: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
s: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,762,329171
ポリマ-1,758,48847
非ポリマ-3,841124
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: none
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

-
構成要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#1: RNA鎖 tRNAi


分子量: 24713.969 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579454.875 Da / 分子数: 1
詳細: rRNA modifications taken from: http://people.biochem.umass.edu/fournierlab/3dmodmap/ysssu2dframes43d.php
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: GenBank: 49642208
#3: RNA鎖 mRNA (31-MER)


分子量: 15344.964 Da / 分子数: 1 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
40S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 ABEGHIMOQVWYabcde

#4: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S0 /


分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CN12
#5: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S1 /


分子量: 29013.678 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWD0
#8: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWJ2
#10: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CM04
#11: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CTD6
#12: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CMG3
#16: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CLU4
#18: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S14 / / RP59


分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P27069
#20: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S16 /


分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q875N2
#25: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CXT6
#26: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S22 /


分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CW21
#28: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CU44
#30: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CS01
#31: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CNL2
#32: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S28 / / S33


分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P33285
#33: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S29 /


分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CPG3
#34: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CUH5

+
タンパク質・ペプチド , 18種, 18分子 CDFJKLNPRSTUXZfghq

#6: タンパク質・ペプチド KLLA0F09812p


分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CKL3
#7: タンパク質・ペプチド KLLA0D08305p


分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CRK7
#9: タンパク質・ペプチド KLLA0D10659p


分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CRA3
#13: タンパク質・ペプチド KLLA0E23673p


分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CM18
#14: タンパク質・ペプチド KLLA0B08173p


分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CVZ5
#15: タンパク質・ペプチド KLLA0A10483p


分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CX80
#17: タンパク質・ペプチド KLLA0F18040p


分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CJK0
#19: タンパク質・ペプチド KLLA0F07843p


分子量: 15986.796 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CKV4
#21: タンパク質・ペプチド KLLA0B01474p


分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWU3
#22: タンパク質・ペプチド KLLA0B01562p


分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWT9
#23: タンパク質・ペプチド KLLA0A07194p


分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CXM0
#24: タンパク質・ペプチド KLLA0F25542p


分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CIM1
#27: タンパク質・ペプチド KLLA0B11231p


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: F2Z602
#29: タンパク質・ペプチド KLLA0B06182p


分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CW78
#35: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P69061
#36: タンパク質・ペプチド KLLA0E12277p


分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CNI7
#37: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / リボソーム / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P0CX86
#45: タンパク質・ペプチド eIF3c,eIF3c


分子量: 86539.539 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32497

-
Eukaryotic translation initiation factor ... , 9種, 9分子 ijklmoprs

#38: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 1A / eIF-1A / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 17462.168 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TIF11, YMR260C, YM8156.02C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38912
#39: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha


分子量: 34763.652 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20459
#40: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / eIF-2-gamma


分子量: 57942.699 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: GCD11, TIF213, YER025W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32481
#41: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF-2-beta


分子量: 31631.309 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SUI3, TIF212, YPL237W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09064
#42: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 5 / eIF-5


分子量: 45321.977 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TIF5, YPR041W, YP3085.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38431
#43: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / Translation initiation factor eIF3 / p110 subunit homolog


分子量: 110517.641 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38249
#44: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit / eIF3 p90 / Translation initiation factor eIF3 p90 subunit


分子量: 88241.766 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PRT1, CDC63, YOR361C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06103
#46: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit / Translation initiation factor eIF3 p33 subunit homolog / eIF3 p33 homolog


分子量: 30520.502 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TIF35, SCY_1313 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZZ25
#47: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 39 kDa subunit / eIF3 p39


分子量: 38803.375 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TIF34, YMR146C, YM9375.16C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40217

-
非ポリマー , 4種, 124分子

#48: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 117 / : Mg / マグネシウム
#49: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / : Zn / 亜鉛
#50: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE


分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / : C5H11NO2S / メチオニン
#51: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / : C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP (エネルギー貯蔵分子類似体) *YM

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent ID由来
1Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1)RIBOSOME1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,470MULTIPLE SOURCES
2RibosomeRIBOSOME2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,371NATURAL
3tRNACOMPLEX11NATURAL
5Initiation factorsCOMPLEX38, 421RECOMBINANT
4Initialtion factorsCOMPLEX39,40,41,43,44,45,46,471RECOMBINANT
6mRNACOMPLEX31RECOMBINANT
分子量: 1.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
12284590Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
234932Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
45559292Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
34559292Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
564932Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
15469008Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
244932Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
3632630synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer ID
120 mMMES1
25 mMMagnessium acetate1
380 mMPotassium acetate1
410 mMAmmonium acetate1
52 mMDithiothreitol (DTT)1
60.001 mMZinc acetate1
70.6 mMATP1
80.25 mMGDPCP1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 kelvins

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 78000 / 倍率(補正後の値): 104478 / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り系: 50 microns / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ冷却材: NITROGEN / 最高温度: 100 kelvins / 最低温度: 90 kelvins
撮影平均照射時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second
検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3600

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0166 / 分類: refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4particle selection
2EMANparticle selection
3EPUimage acquisition
5GctfCTF correction
8UCSF Chimera1.1model fitting
9Coot0.8model fitting
11RELION1.4initial Euler assignment
12RELION1.4final Euler assignment
13RELION1.4classification
14RELION1.43D reconstruction
15REFMAC5.8model refinement
画像処理詳細: FEI Falcon III
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 706713
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 3.5 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74772 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築温度因子: 66 / 精密化のプロトコル: OTHER / 精密化に使用した空間: RECIPROCAL / 当てはまり具合の基準: FSC
精密化
Refine IDB iso meanAniso B11Aniso B12Aniso B13Aniso B22Aniso B23Aniso B33Correlation coeff Fo to FcR factor R workR factor obs最高分解能最低分解能Number reflection obsPercent reflection obsOverall SU BOverall SU MLOverall ESU RSolvent ion probe radiiSolvent shrinkage radiiSolvent vdw probe radiiStereochemistry target valuesSolvent model details
1162.5520.110.430.31-0.59-0.220.480.9010.280700.280703.05281.401433260100.0011.4730.1900.2740.800.801.20MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASESMASK
ELECTRON MICROSCOPY
置いた原子数 #1合計: 104332
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev idealDev ideal target
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.016110961
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1391.671157775
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg17.1928.22318498
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg43.85623.1752709
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg19.17715.00011353
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg12.64215.000541
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1120.20717887
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.02167552
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.78020.18732565
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it5.08930.26140570
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.43614.35478396
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined12.563195698
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS shell最高分解能: 3.05 Å / R factor R work: 0.587 / 最低分解能: 3.129 Å / Number reflection R free: 0 / Number reflection R work: 106143 / Total number of bins used: 20 / Percent reflection obs: 1

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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