PDB-6fkl: Tubulin-TUB015 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fkl

タイトル

Tubulin-TUB015 complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 /

tubulin binding / spindle microtubule /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.098 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Priego, E.-M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: High-affinity ligands of the colchicine domain in tubulin based on a structure-guided design.
著者: Bueno, O. / Estevez Gallego, J. / Martins, S. / Prota, A.E. / Gago, F. / Gomez-SanJuan, A. / Camarasa, M.J. / Barasoain, I. / Steinmetz, M.O. / Diaz, J.F. / Perez-Perez, M.J. / Liekens, S. / Priego, E.M.

履歴

登録	2018年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fkl.cif.gz	916.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fkl.ent.gz	753.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fkl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fkjC 4o2bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iyz-d 4i4t-d 5yz3-d 5nfz-d 6br1-d 5ca0-d 5ezy-d 5h7o-d 6o5m-d 4zhq-d 5yls-d 5lxt-d 5m8g-d 6fkj-d 6k9v-d 5m8d-d 6bs2-d 4o4h-d 5kx5-d 5xkg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.748, 157.764, 179.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 582分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-DLK / 2-{1-[(2-Methoxyphenyl)amino]ethylidene}-5-phenyl-1,3-cyclohexanedione 分子量: 335.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁NO₃
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 5% PEG 4K, 12% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.098→49.44 Å / Num. obs: 171487 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 2.142 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 11675 / CC_1/2: 0.349 / R_pim(I) all: 0.803 / R_rim(I) all: 2.281 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2863: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4O2B

4o2b

解像度: 2.098→49.436 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 23.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	8575	5 %
R_work	0.1784	-	-
obs	0.1803	171487	98.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.098→49.436 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17373	0	235	562	18170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	18159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.613	24666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.038	10916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2686
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0979-2.1218	0.3643	480	0.3482	9083	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1218-2.1468	0.3286	518	0.3155	9840	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1468-2.1729	0.3396	529	0.3126	9958	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1729-2.2004	0.3293	519	0.2961	9963	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2004-2.2294	0.299	530	0.2906	10107	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2294-2.2599	0.3246	542	0.2817	10319	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2599-2.2922	0.3203	545	0.2758	10307	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2922-2.3264	0.3015	547	0.2648	10410	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3264-2.3628	0.2907	559	0.2515	10594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3628-2.4015	0.2793	560	0.2421	10649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4015-2.4429	0.2622	555	0.2207	10710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.4874	0.2258	568	0.2055	10728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4874-2.5352	0.2513	561	0.2055	10622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5352-2.5869	0.2422	562	0.2001	10668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5869-2.6432	0.2435	558	0.2001	10624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6432-2.7047	0.251	568	0.1994	10736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7047-2.7723	0.2433	559	0.2024	10648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8472	0.2531	567	0.1988	10696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8472-2.931	0.2421	566	0.1991	10684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.931-3.0256	0.2391	567	0.1869	10680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0256-3.1337	0.2341	562	0.1775	10623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1337-3.2592	0.242	561	0.1856	10714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2592-3.4075	0.2255	569	0.1786	10682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4075-3.5871	0.1899	564	0.1638	10701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5871-3.8117	0.1843	559	0.1497	10639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8117-4.1059	0.188	562	0.1422	10693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1059-4.5189	0.1567	567	0.1265	10711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5189-5.1721	0.167	559	0.128	10628	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1721-6.514	0.1957	556	0.1609	10727	X-RAY DIFFRACTION	100
6.514-49.4494	0.1707	564	0.1502	10642	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8153	-0.011	-0.2047	3.1564	1.2972	2.2443	-0.0274	0.0756	0.16	-0.3409	0.3214	-0.3615	-0.5796	0.427	-0.254	0.4511	-0.1135	0.0832	0.4413	-0.1634	0.4149	31.5911	86.2551	52.6805
2	1.4144	0.2781	0.3966	2.9992	0.8869	3.2134	0.0639	-0.0655	0.07	0.4147	-0.0169	0.2223	-0.2663	-0.1183	-0.0467	0.3949	0.0202	0.1028	0.3052	-0.0909	0.3603	16.9406	86.6282	70.4341
3	0.8484	0.2783	-0.2323	2.5926	1.7626	4.2635	0.0714	-0.0768	-0.1747	0.5808	0.2863	-0.32	0.6182	0.55	-0.3321	0.3909	0.1192	-0.0619	0.3512	-0.1222	0.3972	29.4461	62.3106	62.3091
4	1.4866	-0.2453	-0.1524	2.4809	0.7214	2.3439	0.054	0.1165	0.2015	-0.2592	0.0404	-0.0505	-0.4547	0.1162	-0.0912	0.2789	-0.0223	0.0356	0.3252	-0.0851	0.3217	21.1785	61.1279	21.1056
5	1.1366	-0.3927	0.0931	1.0924	0.9373	2.9171	-0.0674	-0.0859	0.0098	0.0681	-0.1118	0.2285	-0.1106	-0.5995	0.1398	0.2763	0.0301	0.0397	0.4307	-0.1443	0.4122	7.0946	59.8686	38.5556
6	0.7008	-0.4839	-0.3003	3.8991	2.7174	5.051	-0.0037	-0.1951	-0.0505	0.7377	0.0215	-0.0607	0.5778	0.3462	-0.0411	0.3349	0.0121	-0.0405	0.3213	-0.0444	0.3065	22.7051	37.6704	31.401
7	1.1025	-0.1532	0.0058	1.8465	0.1963	1.586	-0.0331	0.1832	0.127	-0.2671	0.0603	-0.0976	-0.1037	0.1527	-0.0208	0.2621	-0.0574	0.0371	0.3254	-0.0296	0.2971	20.2731	32.6046	-11.4757
8	0.9511	-0.4785	0.3467	1.3874	0.9949	1.8609	0.0041	-0.0738	0.042	0.0015	-0.1499	0.2547	0.0531	-0.387	0.1238	0.2009	-0.0451	0.0311	0.3086	-0.0374	0.3166	2.448	31.2977	3.4697
9	1.7223	-1.0324	-1.168	2.7086	2.6005	4.1901	0.005	0.0264	-0.081	0.3461	0.1154	-0.121	0.5311	0.2172	-0.1283	0.3222	0.0278	-0.0178	0.2535	-0.0284	0.3134	22.4595	10.8693	2.1984
10	2.9149	-0.1952	-0.7023	2.5097	-0.5447	2.2055	0.0433	0.5631	0.0227	-0.354	0.1246	-0.15	0.1285	0.0896	-0.1714	0.5382	-0.0532	0.1054	0.6162	-0.1531	0.3365	23.8945	2.4441	-39.8025
11	1.4325	-0.4058	-0.8585	1.6677	0.5252	2.458	-0.0916	0.4733	-0.2075	-0.2513	0.0701	0.1799	0.2865	-0.3996	0.0143	0.4156	-0.0919	0.012	0.4583	-0.0978	0.3253	7.3277	-0.5139	-24.8135
12	2.8315	-0.8964	-1.6151	2.4808	1.0271	3.0565	-0.2513	0.2534	-0.737	0.0192	0.0666	-0.1635	0.7896	0.3548	0.1802	0.7269	0.0768	0.0693	0.4737	-0.2039	0.5662	28.0989	-17.9541	-25.0411
13	3.6865	-1.1156	0.5273	3.2336	-4.0905	6.1897	-0.0886	-0.4322	0.279	1.5473	0.1124	-0.4679	-0.105	0.8438	-0.1359	0.9796	-0.0396	-0.0023	0.582	-0.1911	0.4838	24.8229	95.9947	83.4315
14	0.3943	1.6894	2.1424	4.5336	5.3787	7.8191	0.0974	-0.1393	0.1383	0.2206	0.6259	-0.683	0.0905	0.789	-0.7456	0.3072	0.0182	0.0167	0.8481	-0.3731	0.7449	43.5568	55.8044	34.917
15	0.3525	-1.1664	-0.7948	6.9916	6.1152	5.8615	-0.0994	0.0104	-0.1227	0.0411	0.2912	-0.3302	0.4107	0.6285	-0.3236	0.532	0.0686	0.1616	0.6977	-0.2541	0.692	42.6919	6.0811	-19.7563
16	1.8956	1.639	-0.9579	5.2177	0.7032	1.4647	-0.6129	0.5426	-0.6719	-0.4156	0.0367	-0.1994	1.7168	-0.5249	0.1668	1.0605	-0.1858	0.215	0.5514	-0.1603	0.5176	6.3924	54.7251	69.5589
17	1.4302	0.2704	-0.2784	3.2651	-0.689	3.3411	-0.1766	-1.1326	-0.6665	0.5331	-0.281	-0.8425	0.6612	1.8775	0.434	0.8636	0.3156	-0.0387	1.2526	0.3082	0.777	15.0334	57.6408	104.7792
18	3.1784	0.3735	-2.4811	1.4388	0.4067	3.0633	-0.705	-0.0651	-0.809	0.257	0.2762	0.027	1.1894	-0.1199	-0.0067	0.9397	0.053	0.1787	0.3182	0.0761	0.5739	-1.6437	53.7871	93.1308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 205)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 381)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 438)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 381)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 382 through 438)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2 through 205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 381)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 382 through 440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 206 through 381)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 382 through 440)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 6 through 27)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 44 through 89)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 90 through 143)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 66)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 67 through 198)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 380)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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