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- PDB-6ewa: Crystal structure of HLA-A2 in complex with LILRB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ewa
タイトルCrystal structure of HLA-A2 in complex with LILRB1
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • LIR-1
  • Polyproteinタンパク質分解
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / LILRB1 / peptide-MHC complex / HLA-A2 / peptide conformation (タンパク質構造) / crystallisation chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / MHC class Ib protein binding / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / MHC class Ib protein binding / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of mononuclear cell proliferation / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class I receptor activity / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of serotonin secretion / negative regulation of cytokine production involved in immune response / dendritic cell differentiation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / integrase activity / positive regulation of macrophage cytokine production / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of interleukin-10 production / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / negative regulation of calcium ion transport / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / negative regulation of cell cycle / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / MHC class I protein binding / Binding and entry of HIV virion / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / ウイルスのライフサイクル / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / SH2 domain binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / response to virus / : / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / : / MHC class I peptide loading complex / exoribonuclease H activity / HFE-transferrin receptor complex / receptor internalization / T cell mediated cytotoxicity
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 ...免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / リボヌクレアーゼH / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LIR-1 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Gag-Pol polyprotein / Β2-ミクログロブリン / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / タンパク質分解
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
Model details================CATEGORY 5: Authors of Structure============================ Enter authors of the ...================CATEGORY 5: Authors of Structure============================ Enter authors of the deposited structures (e.g. Surname, F.M.)
データ登録者Stones, D.H. / Willcox, B.E. / Mohammed, F.
引用ジャーナル: J. Immunol. Methods / 年: 2019
タイトル: Application of the immunoregulatory receptor LILRB1 as a crystallisation chaperone for human class I MHC complexes.
著者: Mohammed, F. / Stones, D.H. / Willcox, B.E.
履歴
登録2017年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Polyprotein
D: LIR-1
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: Polyprotein
H: LIR-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,8808
ポリマ－132,8808
非ポリマー00
水81145
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Polyprotein
D: LIR-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4404
ポリマ－66,4404
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: Polyprotein
H: LIR-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4404
ポリマ－66,4404
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.150, 116.150, 192.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Polyprotein / タンパク質分解


分子量: 993.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9WGX1, UniProt: P04585*PLUS
#4: タンパク質 LIR-1


分子量: 21747.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB1 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: D9IDM8, UniProt: Q8NHL6*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17.5% PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris HCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月8日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→48.679 Å / Num. obs: 60013 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.13 / Rsym value: 0.122 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.39-2.529.50.5371.485050.1820.5670.53797.7
2.52-2.679.80.451.682070.1520.4750.45100
2.67-2.869.80.3322.377200.1110.350.332100
2.86-3.099.80.223.572330.0730.2320.22100
3.09-3.389.80.1465.166570.0490.1550.146100
3.38-3.789.40.1334.760750.0460.1410.133100
3.78-4.379.40.0837.253610.0290.0880.083100
4.37-5.359.50.04813.345730.0160.050.048100
5.35-7.569.70.0421636010.0140.0450.042100
7.56-48.6798.90.03117.420810.0110.0330.03199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.2.21データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P7Q

1p7q


解像度: 2.39→44.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 9.434 / SU ML: 0.214 / SU R Cruickshank DPI: 0.3572 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.268
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 3020 5 %RANDOM
Rwork0.2281 ---
obs0.2306 56936 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.82 Å2 / Biso mean: 35.594 Å2 / Biso min: 14.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→44.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9104 0 0 45 9149
Biso mean---24.63 -
残基数----1123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2641.92812395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.919318573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39251106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95123.162427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.587151322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.211562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022203
LS精密化 シェル解像度: 2.392→2.454 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 211 -
Rwork0.295 4033 -
all-4244 -
obs--96.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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