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万見
- PDB-6g4q: Structure of human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g4q
タイトルStructure of human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2
要素
  • Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial
  • Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
キーワードLIGASE / Complex / Succinyl-CoA Ligase / Mitochondrial / ATP-specific
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-CoA pathway / malate-CoA ligase / succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity ...succinyl-CoA pathway / malate-CoA ligase / succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA metabolic process / succinate metabolic process / Citric acid cycle (TCA cycle) / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial matrix / nucleotide binding / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial / Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. ...Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial / Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Bailey, H.J. / Shrestha, L. / Rembeza, E. / Sorrell, F.J. / Newman, J. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...Bailey, H.J. / Shrestha, L. / Rembeza, E. / Sorrell, F.J. / Newman, J. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2
著者: Bailey, H.J. / Shrestha, L. / Rembeza, E. / Sorrell, F.J. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
B: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,15410
ポリマ－77,6572
非ポリマー4978
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.200, 130.200, 119.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial / Succinyl-CoA synthetase subunit alpha / SCS-alpha


分子量: 32459.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUCLG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53597, succinate-CoA ligase (GDP-forming), succinate-CoA ligase (ADP-forming)
#2: タンパク質 Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial / ATP-specific succinyl-CoA synthetase subunit beta / A-SCS / Succinyl-CoA synthetase beta-A chain / SCS-betaA


分子量: 45198.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUCLA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P2R7, succinate-CoA ligase (ADP-forming)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.44 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.1M DL- malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→65.1 Å / Num. obs: 36946 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2712 / CC1/2: 0.547 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EUC

1euc


解像度: 2.59→65.1 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 1693 4.65 %
Rwork0.2075 --
obs0.2096 36407 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 187.17 Å2 / Biso mean: 78.9871 Å2 / Biso min: 37.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→65.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5022 0 32 82 5136
Biso mean--82.65 67.1 -
残基数----698
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.589-2.66510.46281360.39432726286294
2.6651-2.75120.43841260.35892814294096
2.7512-2.84950.4011370.3252838297597
2.8495-2.96360.36491260.29842876300299
2.9636-3.09850.34771480.26362853300198
3.0985-3.26180.29011230.24622895301899
3.2618-3.46620.29271460.21232886303299
3.4662-3.73380.2461490.18929103059100
3.7338-4.10950.23621520.174429293081100
4.1095-4.7040.17511530.148429333086100
4.704-5.92590.20241530.189529743127100
5.9259-65.12060.24471440.195930803224100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.29350.5253-3.59143.0966-0.03583.7525-0.0826-0.099-0.8638-0.28810.1943-0.08910.9014-0.0024-0.12480.83410.0212-0.11070.33820.03820.4224-60.0874-17.020730.3693
25.35612.0551-1.24692.9361-1.45414.7661-0.0064-0.3241-0.2805-0.06470.25220.2870.6177-0.6601-0.2330.7106-0.0709-0.02990.41680.09930.4374-67.3549-9.593933.5097
32.1196-0.98670.42242.88630.19765.45410.07280.1159-0.4193-0.0933-0.00080.40060.5125-0.0731-0.18410.7101-0.0634-0.08480.3122-0.02270.4981-62.0468-15.610717.2162
43.3272-1.26350.23393.7281-0.04146.54070.20220.2547-0.24250.17970.0305-0.23260.52450.9629-0.22650.60980.0558-0.08370.509-0.11750.4107-49.3425-14.83514.6169
55.8958-4.00622.80137.4457-5.43945.88350.46370.40630.047-0.6668-0.38580.0083-0.40880.4869-0.11650.5954-0.15810.01420.4986-0.0830.3472-53.5536-4.63748.7835
62.9052-2.275-1.4734.7984-2.4844.96710.50.38310.1758-0.5113-0.1263-0.1544-0.09710.5705-0.3610.76110.0281-0.03270.6512-0.16370.4156-50.445-9.54822.5878
79.8185-3.47242.2133.6137-3.95864.80220.92310.0037-0.3908-0.6251-0.6057-0.71180.49270.4949-0.43681.05930.0853-0.20510.5709-0.20210.7006-54.1978-24.59320.8601
81.3690.7227-1.65056.2321-3.32872.62620.0330.45090.1701-0.02950.1259-0.1982-0.0616-0.2114-0.14770.6226-0.11520.03710.62360.03110.5138-49.23525.076517.029
91.25630.51881.36781.76891.233.24080.07940.01660.0224-0.0614-0.16870.1465-0.0539-0.49050.18660.64750.01780.03720.50630.01790.4929-70.08514.1093.7245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 65 )A41 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 161 )A66 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 162 through 235 )A162 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 273 )A236 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 274 through 310 )A274 - 310
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 311 through 331 )A311 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 332 through 345 )A332 - 345
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 53 through 249 )B53 - 249
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 250 through 463 )B250 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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