PDB-6e8f: Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC3-5 CD2-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e8f

タイトル

Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC3-5 CD2-1

要素

Protocadherin-15

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) /

Mechanotransduction /

Calcium-binding protein (カルシウム結合タンパク質) /

stereocilia /

hair cell /

tip link

機能・相同性

機能・相同性情報

平衡感覚 / sensory perception of light stimulus / stereocilium /

photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Choudhary, D. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of protocadherin-15 mechanics and function in hearing and balance perception.
著者: Choudhary, D. / Narui, Y. / Neel, B.L. / Wimalasena, L.N. / Klanseck, C.F. / De-la-Torre, P. / Chen, C. / Araya-Secchi, R. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2018年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年10月7日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e8f.cif.gz	410.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e8f.ent.gz	338.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tpkC 5ulyC 5w1dC 6bwnC 6bxuC 6eb5C 6eetC 6mfoC 6n22C 6n2eC 5t4mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zpl-d 5ldy-2 6bxu-1 4u7m-d 6f63-d 6th1-d 3601 3gf5-1 4zps-d 5ldy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protocadherin-15

C: Protocadherin-15

B: Protocadherin-15

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.735, 95.906, 258.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	Protocadherin-15 / 分子量: 40414.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH15, USH1F / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q96QU1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.06 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 40% MPD, 0.2 M Lithium Chloride, 0.01 M Adenosine triphosphate disodium

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.768
1	1	-K, -H, -L	2	0.232

反射

解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 48387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.208 / Net I/σ(I): 9.31

反射シェル

解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 2333 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5T4M

5t4m

解像度: 2.99→47.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 16.245 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2138	2321	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17397	-	-	-
obs	0.17583	45968	98.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.679 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	16.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-67.51 Å²	-0 Å²
3-	-	-	51.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.99→47.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7966	0	14	8	7988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.014	8161
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.249	1.667	11188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.762	1.618	17094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.154	5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.771	23.729	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.738	15	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.121	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.54	6.218	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.54	6.217	4076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.215	9.313	5084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.215	9.313	5085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.288	6.333	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.288	6.333	4085
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.814	9.442	6105
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.254	71.831	8196
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.254	71.836	8196
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.99→3.067 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	131	-
R_work	0.234	2673	-
obs	-	-	78.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3241	-0.1202	-0.27	2.6243	-0.4414	0.1494	-0.1911	0.0936	-0.1162	0.1261	0.1407	-0.1618	0.0303	-0.1216	0.0504	0.0437	-0.0855	0.0022	0.5192	-0.0628	0.2726	-3.6167	-21.3476	-33.7716
2	1.5844	-0.2351	0.9043	0.0441	-0.1088	0.9392	-0.0409	0.2475	0.0028	0.0327	-0.0308	0.0322	0.0428	0.1561	0.0717	0.172	-0.0251	-0.0066	0.4229	-0.0542	0.2604	-45.4978	-6.8166	-43.7183
3	2.0473	-0.4949	0.1782	0.3135	-0.0814	0.7094	0.0057	-0.002	0.0542	0.0952	0.0794	0.0055	-0.0452	-0.0881	-0.0851	0.0572	-0.0142	0.0042	0.441	-0.0033	0.3451	-93.5833	0.0157	-54.1512
4	1.1854	0.2004	-0.276	0.5003	0.0187	0.1381	-0.2018	0.0275	-0.1245	-0.0271	0.1802	-0.0984	-0.0991	0.033	0.0216	0.3945	-0.0876	0.0199	0.1703	-0.0344	0.2992	-27.9845	-45.4187	-28.2938
5	0.0663	-0.0261	-0.2334	2.3315	0.2018	0.9199	-0.0273	0.0361	0.004	0.2532	0.0945	-0.0022	0.0522	0.0064	-0.0672	0.351	0.0094	-0.0279	0.2494	-0.0216	0.2158	-44.1456	-3.1144	-18.2157
6	0.4488	0.163	-0.4721	2.5121	0.1171	0.6479	-0.0093	0.0812	0.1279	0.0552	-0.0138	0.0415	0.0677	-0.1313	0.0231	0.3887	0.0252	-0.032	0.1733	-0.0585	0.2614	-52.5193	45.3475	-10.1446
7	0.6316	-0.8316	-0.1021	2.3896	-0.4156	0.2835	-0.0652	-0.0134	0.0222	0.1545	0.1292	-0.0486	-0.0658	0.0103	-0.0641	0.281	0.0073	0.01	0.2706	-0.0156	0.272	-48.6178	-76.1337	-91.1276
8	0.8676	-0.7967	-1.3071	0.8324	0.9568	3.2906	0.1427	-0.2829	0.3435	-0.2411	0.2713	-0.2558	0.1132	0.0054	-0.4139	0.2214	-0.0083	0.0764	0.3824	-0.1668	0.3477	-67.2374	-41.0801	-67.0319
9	0.348	-0.8616	-0.2913	2.5762	1.8824	3.665	0.176	-0.2229	0.1808	-0.2802	0.5282	-0.5182	0.1028	0.4782	-0.7042	0.1395	-0.212	0.1607	0.5311	-0.4926	0.4841	-77.0446	-14.8802	-29.1941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	242 - 366
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	367 - 486
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	701
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	703
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	705
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	487 - 594
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	702
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	704
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	242 - 366
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	367 - 486
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	705
12	X-RAY DIFFRACTION	5	B	701
13	X-RAY DIFFRACTION	5	B	703
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	487 - 595
15	X-RAY DIFFRACTION	6	B	702
16	X-RAY DIFFRACTION	6	B	704
17	X-RAY DIFFRACTION	7	C	242 - 366
18	X-RAY DIFFRACTION	8	C	367 - 486
19	X-RAY DIFFRACTION	8	C	701
20	X-RAY DIFFRACTION	8	C	704
21	X-RAY DIFFRACTION	9	C	487 - 589
22	X-RAY DIFFRACTION	9	C	702 - 703

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見 (Yorodumi)