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- PDB-6e0h: PDB: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+ -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6e0h
タイトルPDB: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
構成要素Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative
キーワードLIPID TRANSPORT / scramblase / Ca2+-activated / membrane-reorganization
機能・相同性Calcium-activated chloride channel / Anoctamin / phospholipid scramblase activity / phospholipid translocation / voltage-gated calcium channel activity / ion transmembrane transport / integral component of membrane / Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative
機能・相同性情報
試料の由来Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.05 Å 分解能
データ登録者Falzone, M.E. / Accardi, A.
引用ジャーナル: Elife / : 2019
タイトル: Structural basis of Ca-dependent activation and lipid transport by a TMEM16 scramblase.
著者: Maria E Falzone / Jan Rheinberger / Byoung-Cheol Lee / Thasin Peyear / Linda Sasset / Ashleigh M Raczkowski / Edward T Eng / Annarita Di Lorenzo / Olaf S Andersen / Crina M Nimigean / Alessio Accardi
要旨: The lipid distribution of plasma membranes of eukaryotic cells is asymmetric and phospholipid scramblases disrupt this asymmetry by mediating the rapid, nonselective transport of lipids down their ...The lipid distribution of plasma membranes of eukaryotic cells is asymmetric and phospholipid scramblases disrupt this asymmetry by mediating the rapid, nonselective transport of lipids down their concentration gradients. As a result, phosphatidylserine is exposed to the outer leaflet of membrane, an important step in extracellular signaling networks controlling processes such as apoptosis, blood coagulation, membrane fusion and repair. Several TMEM16 family members have been identified as Ca-activated scramblases, but the mechanisms underlying their Ca-dependent gating and their effects on the surrounding lipid bilayer remain poorly understood. Here, we describe three high-resolution cryo-electron microscopy structures of a fungal scramblase from , afTMEM16, reconstituted in lipid nanodiscs. These structures reveal that Ca-dependent activation of the scramblase entails global rearrangement of the transmembrane and cytosolic domains. These structures, together with functional experiments, suggest that activation of the protein thins the membrane near the transport pathway to facilitate rapid transbilayer lipid movement.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年7月6日 / 公開: 2019年2月6日

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ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-8948
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
B: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative
A: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,3946
ポリマ-169,2342
非ポリマ-1604
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative


分子量: 84616.859 Da / 分子数: 2
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (アスペルギルス・フミガーツス)
: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G02970 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q4WA18
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / : Ca / カルシウム

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 168 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 7 mg/ml
詳細: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 kelvins

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 69.97 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.13_2998refinement
PHENIX1.13_2998refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginonimage acquisition
4CTFFIND4CTF correction
9PHENIXmodel refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2
3次元再構成分解能: 4.05 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37146 / 対称性のタイプ: POINT
精密化Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
置いた原子数 #1タンパク質: 9520 / 核酸: 0 / リガンド: 4 / 溶媒: 0
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00889770
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.087913276
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06101504
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00791640
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.58765740

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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