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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cmx | |||||||||
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タイトル | Human Teneurin 2 extra-cellular region | |||||||||
要素 | Teneurin-2 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Teneurin / CNS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / : / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / filopodium / axon guidance / cell-cell adhesion / PML body ...retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / : / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / filopodium / axon guidance / cell-cell adhesion / PML body / cell junction / cell-cell junction / growth cone / postsynaptic membrane / dendritic spine / neuron projection / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / synapse / dendrite / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Shalev-Benami, M. / Li, J. / Sudhof, T. / Skiniotis, G. / Arac, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Structural Basis for Teneurin Function in Circuit-Wiring: A Toxin Motif at the Synapse. 著者: Jingxian Li / Moran Shalev-Benami / Richard Sando / Xian Jiang / Amanuel Kibrom / Jie Wang / Katherine Leon / Christopher Katanski / Olha Nazarko / Yue C Lu / Thomas C Südhof / Georgios ...著者: Jingxian Li / Moran Shalev-Benami / Richard Sando / Xian Jiang / Amanuel Kibrom / Jie Wang / Katherine Leon / Christopher Katanski / Olha Nazarko / Yue C Lu / Thomas C Südhof / Georgios Skiniotis / Demet Araç / 要旨: Teneurins (TENs) are cell-surface adhesion proteins with critical roles in tissue development and axon guidance. Here, we report the 3.1-Å cryoelectron microscopy structure of the human TEN2 ...Teneurins (TENs) are cell-surface adhesion proteins with critical roles in tissue development and axon guidance. Here, we report the 3.1-Å cryoelectron microscopy structure of the human TEN2 extracellular region (ECR), revealing a striking similarity to bacterial Tc-toxins. The ECR includes a large β barrel that partially encapsulates a C-terminal domain, which emerges to the solvent through an opening in the mid-barrel region. An immunoglobulin (Ig)-like domain seals the bottom of the barrel while a β propeller is attached in a perpendicular orientation. We further show that an alternatively spliced region within the β propeller acts as a switch to regulate trans-cellular adhesion of TEN2 to latrophilin (LPHN), a transmembrane receptor known to mediate critical functions in the central nervous system. One splice variant activates trans-cellular signaling in a LPHN-dependent manner, whereas the other induces inhibitory postsynaptic differentiation. These results highlight the unusual structural organization of TENs giving rise to their multifarious functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cmx.cif.gz | 255 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cmx.ent.gz | 190.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cmx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cmx_validation.pdf.gz | 1019.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cmx_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6cmx_validation.xml.gz | 45.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cmx_validation.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 224005.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TENM2, KIAA1127, ODZ2, TNM2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High-Five / 参照: UniProt: Q9NT68*PLUS | ||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose / 6alpha-alpha-mannobiose | ||
#4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 糖 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Teneurin 2 extra-cellular region / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.215 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 426107 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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