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万見
- PDB-1r27: Crystal Structure of NarGH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r27
タイトルCrystal Structure of NarGH complex
要素(Respiratory nitrate reductase 1 ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta barrel / x-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrate reductase (quinone) / NarGHI complex / nitrate reductase (quinone) activity / nitrate metabolic process / nitrate reductase activity / anaerobic electron transport chain / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nitrate assimilation ...nitrate reductase (quinone) / NarGHI complex / nitrate reductase (quinone) activity / nitrate metabolic process / nitrate reductase activity / anaerobic electron transport chain / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nitrate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrate reductase alpha subunit / nitrate reductase domain fold / nitrate reductase domain like / Nitrate reductase, beta subunit / Respiratory nitrate reductase beta, C-terminal / Nitrate reductase beta, C-terminal domain superfamily / Respiratory nitrate reductase beta C-terminal / Nitrate reductase, alpha subunit / Nitrate reductase, alpha subunit, N-terminal / Nitrate reductase, alpha subunit, N-terminal domain superfamily ...Nitrate reductase alpha subunit / nitrate reductase domain fold / nitrate reductase domain like / Nitrate reductase, beta subunit / Respiratory nitrate reductase beta, C-terminal / Nitrate reductase beta, C-terminal domain superfamily / Respiratory nitrate reductase beta C-terminal / Nitrate reductase, alpha subunit / Nitrate reductase, alpha subunit, N-terminal / Nitrate reductase, alpha subunit, N-terminal domain superfamily / Respiratory nitrate reductase alpha N-terminal / Nitrate reductase alpha subunit-like, MopB domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 2. / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 3. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / Chem-MGD / MOLYBDENUM ATOM / IRON/SULFUR CLUSTER / Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain / Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jormakka, M. / Richardson, D. / Byrne, B. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Architecture of NarGH reveals a structural classification of Mo-bisMGD enzymes
著者: Jormakka, M. / Richardson, D. / Byrne, B. / Iwata, S.
履歴
登録2003年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,89320
ポリマ－397,3344
非ポリマー6,55916
水41,8132321
1
A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,94710
ポリマ－198,6672
非ポリマー3,2798
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14430 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area48190 Å2
手法PISA
2
C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,94710
ポリマ－198,6672
非ポリマー3,2798
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14490 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area48100 Å2
手法PISA
3
A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,615,57280
ポリマ－1,589,33716
非ポリマー26,23564
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area145440 Å2
ΔGint-1460 kcal/mol
Surface area355360 Å2
手法PISA
4
A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)807,78640
ポリマ－794,6688
非ポリマー13,11832
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area71360 Å2
ΔGint-722 kcal/mol
Surface area179040 Å2
手法PISA
5
A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子

C: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
D: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,89320
ポリマ－397,3344
非ポリマー6,55916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area33640 Å2
ΔGint-350 kcal/mol
Surface area91560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.401, 298.300, 296.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222

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要素

-
Respiratory nitrate reductase 1 ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain / E.C.1.7.99.4 / nitrate reductase 1 alpha subunit


分子量: 140526.781 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GL101 / 参照: UniProt: P09152, nitrate reductase
#2: タンパク質 Respiratory nitrate reductase 1 beta chain / E.C.1.7.99.4 / nitrate reductase 1 beta subunit


分子量: 58140.312 Da / 分子数: 2 / 断片: beta chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GL101 / 参照: UniProt: P11349, nitrate reductase

-
非ポリマー , 5種, 2337分子

#3: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#6: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 1500, NaCl, MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
31 %OG1drop
49 %PEG15001reservoir
5100 mM1reservoirMgCl2
6100 mM1reservoirNaCl
75 %DMSO1reservoir
80.1 MHEPES1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2911.7416, 1.7365, 1.4884
シンクロトロンESRF ID2920.9393
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2003年4月13日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2003年4月13日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si111MADMx-ray1
2Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.74161
21.73651
31.48841
40.93931
反射解像度: 2→39.86 Å / Num. obs: 332608 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 329239 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.2 % / Num. measured all: 1060308 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.3 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法モデル構築
CNS1.1精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→39.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 8259633.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 10083 3 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.205 ---
obs0.204 332608 88.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.0024 Å2 / ksol: 0.361625 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.44 Å20 Å20 Å2
2---6.49 Å20 Å2
3----1.95 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.29 Å / Luzzati sigma a free: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26742 0 268 2321 29331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 1624 3.1 %
Rwork0.33 50304 -
obs--83.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PRO.PARPRO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 1 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.09 Å / Rfactor Rwork: 0.335

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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