+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nz4 | ||||||||||||
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Title | YcjX-GDP (type I) | ||||||||||||
Components | YcjX Stress Protein | ||||||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / G-protein | ||||||||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF463, YcjX-like protein / YcjX-like family, DUF463 / small monomeric GTPase / GDP binding / GTPase activity / GTP binding / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-like GTPase YcjX Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Shewanella oneidensis (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.92 Å | ||||||||||||
Authors | Lee, S. / Tsai, J. / Tsai, F.T. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2019 Title: Crystal Structure of the YcjX Stress Protein Reveals a Ras-Like GTP-Binding Protein. Authors: Tsai, J.T. / Sung, N. / Lee, J. / Chang, C. / Lee, S. / Tsai, F.T.F. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nz4.cif.gz | 380.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nz4.ent.gz | 310.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nz4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6nz4_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6nz4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6nz4_validation.xml.gz | 40.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6nz4_validation.cif.gz | 59.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/6nz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/6nz4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54457.980 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: F187L, D218G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (bacteria) Strain: MR-1 / Gene: ycjX, SO_1810 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8EG04 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 50mM MES pH 6.0, 400mM Ammonium Chloride, 15% MEPEG 2K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→50 Å / Num. obs: 88457 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.1 % / Net I/σ(I): 28.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→1.95 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.92→45.859 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→45.859 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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