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- PDB-6cj9: Crystal structure of lectin from Dioclea lasiophylla seeds (DlyL)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cj9
タイトルCrystal structure of lectin from Dioclea lasiophylla seeds (DlyL) complexed with X-Man
要素Lectinレクチン
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Dioclea lasiophylla / lectin (レクチン) / X-Man.
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XMM / レクチン
類似検索 - 構成要素
生物種Dioclea lasiophylla (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pinto-Junior, V.R. / Santiago, M.Q. / Osterne, V.J.S. / Araripe, D.A. / Neco, A.H.B. / Silva-Filho, J.C. / Leal, R.B. / Rocha, C.R.C. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of DlyL, a mannose-specific lectin from Dioclea lasiophylla Mart. Ex Benth seeds that display cytotoxic effects against C6 glioma cells.
著者: Leal, R.B. / Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J.S. / Wolin, I.A.V. / Nascimento, A.P.M. / Neco, A.H.B. / Araripe, D.A. / Welter, P.G. / Neto, C.C. / Correia, J.L.A. / Rocha, C.R.C. / ...著者: Leal, R.B. / Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J.S. / Wolin, I.A.V. / Nascimento, A.P.M. / Neco, A.H.B. / Araripe, D.A. / Welter, P.G. / Neto, C.C. / Correia, J.L.A. / Rocha, C.R.C. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月7日ID: 5U37
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9254
ポリマ－25,4211
非ポリマー5043
水3,873215
1
A: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, This protein belongs to Dioclea lasiophylla, a species from Diocleinae subtribe of the Leguminosae family. Other lectins from species of Dioclea genus were studied and have more ...根拠: homology, This protein belongs to Dioclea lasiophylla, a species from Diocleinae subtribe of the Leguminosae family. Other lectins from species of Dioclea genus were studied and have more than 90% similarity. All are tetrameric protein.
  • 104 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,69916
ポリマ－101,6844
非ポリマー2,01512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area10920 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area32760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.100, 86.930, 92.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lectin / レクチン


分子量: 25421.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dioclea lasiophylla (マメ科) / 参照: UniProt: C0HK27*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 100 mM HEPES pH 6.8 8% PEG 6000 / PH範囲: 6.8-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.42 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.42 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.86 Å / Num. obs: 28693 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 20.01 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.7-1.794.10.52240970.7990.0190.0460.04198.8
5.38-27.865.90.0419960.9980.0240.060.05599.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JE7

2je7


解像度: 1.7→27.86 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 1385 4.86 %
Rwork0.1835 --
obs0.185 28522 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.07 Å2 / Biso mean: 26.3566 Å2 / Biso min: 10.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→27.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1795 0 25 215 2035
Biso mean--26.41 37.73 -
残基数----237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9722609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.598661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.76080.34571450.3122500264594
1.7608-1.83120.27081570.23862653281098
1.8312-1.91460.26571250.21282690281599
1.9146-2.01550.22011260.18472708283499
2.0155-2.14170.22051420.17872687282999
2.1417-2.3070.23411380.17872738287699
2.307-2.5390.24721420.192427272869100
2.539-2.90610.24561400.189727522892100
2.9061-3.66010.20091520.16632753290599
3.6601-27.86760.16351180.170329293047100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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