PDB-6b0w: Crystal structure of the anti-circumsporozoite protein 1710 antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b0w

タイトル

Crystal structure of the anti-circumsporozoite protein 1710 antibody

要素

1710 antibody, heavy chain
1710 antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Malaria (マラリア) /

Circumsporozoite protein / alpha thrombospondin type-1 repeat

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta /

2-プロパノール

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Scally, S.W. / Murugan, R. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P.

引用

ジャーナル: J. Exp. Med. / 年: 2018
タイトル: Rare PfCSP C-terminal antibodies induced by live sporozoite vaccination are ineffective against malaria infection.
著者: Scally, S.W. / Murugan, R. / Bosch, A. / Triller, G. / Costa, G. / Mordmuller, B. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Levashina, E.A. / Wardemann, H. / Julien, J.P.

履歴

登録	2017年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b0w.cif.gz	185.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b0w.ent.gz	145.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b0sC 4gsdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hpy-d 1i7z-1 6ev2-3 4hs6-2 4x7t-1 6wfy-d 1zan-d 6bb4-3 5ig7-4 5ubz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

L: 1710 antibody, light chain

H: 1710 antibody, heavy chain

ヘテロ分子

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.063, 66.724, 124.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	1710 antibody, light chain 分子量: 22629.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	1710 antibody, heavy chain 分子量: 23940.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 17 % (w/v) PEG 400, 15 % (v/v) glycerol, 8.5 % (v/v) isopropanol and 85 mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.424 Å / Num. obs: 40776 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5691 / R_pim(I) all: 0.289 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XPREP		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GSD

4gsd

解像度: 1.9→45.424 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	2000	4.94 %
R_work	0.1833	-	-
obs	0.185	40542	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.424 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3224	0	60	240	3524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787	4612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.774	2013
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9241	0.3082	134	0.311	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9241-1.9494	0.328	133	0.2971	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9494-1.9761	0.3355	141	0.2812	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9761-2.0043	0.3077	144	0.2714	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0043-2.0342	0.3087	142	0.2583	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0342-2.066	0.2925	141	0.2448	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.066-2.0999	0.2691	141	0.2354	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0999-2.1361	0.2897	139	0.2236	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1361-2.175	0.2307	143	0.2141	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.175-2.2168	0.2565	138	0.2191	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2168-2.262	0.2281	139	0.207	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.3112	0.2743	139	0.2128	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3112-2.365	0.2464	142	0.2146	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.365-2.4241	0.2688	135	0.207	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4241-2.4897	0.2327	143	0.2033	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4897-2.5629	0.2319	143	0.1954	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5629-2.6456	0.2433	134	0.1937	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6456-2.7402	0.2474	145	0.1901	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8499	0.2266	140	0.1731	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8499-2.9796	0.2025	138	0.1662	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9796-3.1366	0.1922	147	0.1597	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1366-3.3331	0.1705	143	0.1609	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3331-3.5903	0.1685	145	0.1451	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5903-3.9514	0.2261	140	0.1618	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9514-4.5228	0.1863	142	0.1454	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5228-5.6965	0.1884	139	0.1596	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6965-45.4372	0.1969	146	0.1908	2718	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5549	0.7717	0.0124	2.2626	0.7612	4.5753	-0.0364	-0.0771	-0.2221	0.2047	0.0468	-0.0159	0.1234	0.1563	0.0095	0.2118	0.0363	0.04	0.1962	0.0189	0.1954	-3.6879	-22.5867	9.3314
2	1.9192	-0.5672	-1.0599	0.6565	0.5326	0.6321	0.0137	-0.0352	-0.0392	-0.0059	-0.0376	-0.01	-0.0659	0.0297	0.0034	0.2238	-0.0161	-0.0231	0.1412	0.0092	0.1525	-23.5318	-12.4334	22.3562
3	7.3868	-4.6026	3.0131	5.6015	-2.8101	3.4116	0.1261	0.0267	-0.194	-0.2712	-0.1066	0.3634	0.045	-0.2002	0.0174	0.2208	-0.0191	0.011	0.1904	-0.0338	0.1225	-33.5449	-11.5149	20.93
4	4.9056	-0.4678	-2.4081	1.9232	0.8524	4.1113	0.1365	0.144	0.4761	0.02	0.1015	0.0311	-0.4304	-0.1291	-0.2268	0.2886	0.0326	0.0262	0.1719	0.0428	0.2085	-1.876	-0.6601	3.3107
5	5.5505	-1.826	-2.0545	4.6246	-0.7968	4.2208	0.0839	0.0561	0.3467	-0.0039	0.1161	0.0872	-0.1501	-0.0992	-0.1968	0.2327	0.0026	-0.0214	0.1897	0.0066	0.1708	-1.3254	-1.5847	3.9436
6	5.5537	-0.2186	-0.6405	3.8918	-0.0091	5.6263	0.0689	0.0465	0.0172	-0.2888	0.0617	-0.2799	0.8116	-0.1051	-0.1936	0.354	0.0217	-0.0096	0.1546	-0.0377	0.1871	-27.3688	-1.057	33.56
7	3.9023	-0.2806	-1.0914	4.7263	0.7053	4.4773	0.0735	-0.382	0.042	0.4255	0.0912	-0.0327	0.3992	-0.0046	-0.173	0.3222	0.0054	-0.0219	0.1895	-0.0225	0.167	-27.9643	-1.621	37.5089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 2 through 92 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 93 through 172 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 173 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 67 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 112 through 157 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 158 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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