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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zzm | ||||||
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タイトル | E. coli 50S subunit bound HflX protein in presence of ATP (AMP-PNP) and GTP (GMP-PNP) analogs. | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / ATPase (ATPアーゼ) / RNA helicase (ヘリカーゼ) / Heat stress | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / ribosome binding / response to heat / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / ribosome binding / response to heat / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å | ||||||
データ登録者 | Dey, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018 タイトル: The universally conserved GTPase HflX is an RNA helicase that restores heat-damaged ribosomes. 著者: Sandip Dey / Chiranjit Biswas / Jayati Sengupta / 要旨: The ribosome-associated GTPase HflX acts as an antiassociation factor upon binding to the 50S ribosomal subunit during heat stress in Although HflX is recognized as a guanosine triphosphatase, ...The ribosome-associated GTPase HflX acts as an antiassociation factor upon binding to the 50S ribosomal subunit during heat stress in Although HflX is recognized as a guanosine triphosphatase, several studies have shown that the N-terminal domain 1 of HflX is capable of hydrolyzing adenosine triphosphate (ATP), but the functional role of its adenosine triphosphatase (ATPase) activity remains unknown. We demonstrate that HflX possesses ATP-dependent RNA helicase activity and is capable of unwinding large subunit ribosomal RNA. A cryo-electron microscopy structure of the 50S-HflX complex in the presence of nonhydrolyzable analogues of ATP and guanosine triphosphate hints at a mode of action for the RNA helicase and suggests the linker helical domain may have a determinant role in RNA unwinding. Heat stress results in inactivation of the ribosome, and we show that HflX can restore heat-damaged ribosomes and improve cell survival. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zzm.cif.gz | 119.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zzm.ent.gz | 66 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zzm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zzm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48392.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: hflX, b4173, JW4131 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25519 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: GenBank: 1370526514 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: GenBank: 1036415628 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli 50S bound HflX protein in presence of ATP (AMP-PNP) and GTP (GMP-PNP) analogs. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION回折 |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61557 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |