[日本語] English
- PDB-5z84: The structure of azide-bound cytochrome c oxidase determined usin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z84
タイトルThe structure of azide-bound cytochrome c oxidase determined using the crystals exposed to 20 mM azide solution for 4 days
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / metalloenzyme cytochrome c oxidase proton pump bioenergetics heme copper
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ ...TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Cupredoxin / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Few Secondary Structures / イレギュラー / Αソレノイド / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / CARDIOLIPIN / コール酸 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / ステアリン ...AZIDE ION / CARDIOLIPIN / コール酸 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / ステアリン / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shimada, A. / Hatano, K. / Tadehara, H. / Tsukihara, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号
JSPS KAKENHI15K18493 日本
JSPS KAKENHI22370060 日本
JSPS KAKENHI26291033 日本
JST CREST 日本
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / : 2018
タイトル: X-ray structural analyses of azide-bound cytochromecoxidases reveal that the H-pathway is critically important for the proton-pumping activity.
著者: Shimada, A. / Hatano, K. / Tadehara, H. / Yano, N. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Muramoto, K. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S.
履歴
登録2018年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: cytochrome c oxidase subunit 11, Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: cytochrome c oxidase subunit 11, Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,116166
ポリマ-410,21626
非ポリマー39,901140
29,9231661
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: cytochrome c oxidase subunit 11, Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,39691
ポリマ-205,10813
非ポリマー20,28978
23413
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: cytochrome c oxidase subunit 11, Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,72075
ポリマ-205,10813
非ポリマー19,61262
23413
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.405, 206.272, 177.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
112L
212Y
113M
213Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
1126B1 - 229
2126O1 - 229
1136C1 - 272
2136P1 - 272
1146D4 - 147
2146Q4 - 147
1156E5 - 109
2156R5 - 109
1166F1 - 99
2166S1 - 99
1176G1 - 85
2176T1 - 85
1186H7 - 85
2186U7 - 85
1196I1 - 73
2196V1 - 73
11106J1 - 59
21106W1 - 59
11116K6 - 54
21116X6 - 54
11126L2 - 47
21126Y2 - 47
11136M1 - 43
21136Z1 - 43

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.993706, -0.004238, 0.111944), (-9.6E-5, -0.999252, -0.038683), (0.112024, -0.038451, 0.992961)167.753891, 631.883667, 2.83489
3given(1), (1), (1)
4given(-0.994003, 0.000642, 0.109352), (-0.005358, -0.999067, -0.042843), (0.109223, -0.043172, 0.993079)166.58165, 633.247864, 4.7793
5given(1), (1), (1)
6given(-0.993322, 0.003235, 0.11533), (-0.007916, -0.999162, -0.040154), (0.115104, -0.040799, 0.992515)164.824265, 633.013062, 3.25848
7given(1), (1), (1)
8given(-0.994505, 0.000522, 0.104685), (-0.003832, -0.999499, -0.031418), (0.104616, -0.031647, 0.994009)167.568848, 631.175598, 1.77844
9given(1), (1), (1)
10given(-0.991764, -0.044178, 0.120218), (0.039114, -0.998258, -0.044163), (0.12196, -0.039097, 0.991765)178.772522, 628.008728, 2.29214
11given(1), (1), (1)
12given(-0.994278, -0.001511, 0.106814), (-0.003045, -0.999093, -0.042481), (0.106781, -0.042564, 0.993371)168.166382, 633.037354, 4.6621
13given(1), (1), (1)
14given(-0.993536, 0.002716, 0.113486), (-0.007723, -0.999015, -0.0437), (0.113255, -0.044294, 0.992578)165.276718, 633.595703, 4.55709
15given(1), (1), (1)
16given(-0.991388, -0.00594, 0.130826), (0.001393, -0.999393, -0.03482), (0.130953, -0.034337, 0.990794)164.950714, 631.352478, -0.15004
17given(1), (1), (1)
18given(-0.994372, -0.035152, 0.099947), (0.032347, -0.99904, -0.029556), (0.10089, -0.026156, 0.994554)180.294495, 625.799377, -0.03607
19given(1), (1), (1)
20given(-0.991995, 0.017031, 0.125123), (-0.025034, -0.99772, -0.062674), (0.12377, -0.065305, 0.99016)158.650696, 639.58252, 9.69179
21given(1), (1), (1)
22given(-0.994297, 0.003159, 0.106601), (-0.006, -0.999635, -0.026338), (0.106479, -0.026827, 0.993953)166.385834, 630.803894, -0.23564
23given(1), (1), (1)
24given(-0.993833, -0.021206, 0.108845), (0.017878, -0.999345, -0.031461), (0.109441, -0.029321, 0.993561)173.53656, 627.755066, 0.28002
25given(1), (1), (1)
26given(-0.991841, -0.019872, 0.125925), (0.016983, -0.999568, -0.023976), (0.126347, -0.021641, 0.99175)169.324387, 626.23407, -4.46761

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, シトクロムcオキシダーゼ
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / cytochrome c oxidase subunit 5 / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / cytochrome c oxidase subunit 6 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / シトクロムcオキシダーゼ / cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / cytochrome c oxidase subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 cytochrome c oxidase subunit 11, Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / cytochrome c oxidase subunit 12 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 12 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / cytochrome c oxidase subunit 13 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c ...cytochrome c oxidase subunit 13 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
, 1種, 9分子

#25: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / : C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 16種, 1792分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A / Heme A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION /


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#17: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#18: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド / アジ化物


分子量: 42.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : N3
#19: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン / ステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C57H110O6
#20: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL / Phosphatidylglycerol


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#22: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸 / コール酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C24H40O5
#23: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cu2
#24: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE / ホスファチジルコリン


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#27: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#30: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1661 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8 / 詳細: PEG 4000, Sodium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 50 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→200 Å / Num. obs: 564234 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.767 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.878.21.082138360.8790.3911.1531.67199.2
1.87-1.888.21.056139060.8890.3821.1261.66499.2
1.88-1.98.20.945139550.8910.3411.0071.65599.2
1.9-1.928.20.811140120.9250.2940.8651.69499.2
1.92-1.938.20.752139080.9310.2720.8011.68699.2
1.93-1.958.30.696140220.940.2520.7421.71199.4
1.95-1.978.30.65139800.9390.2350.6931.70599.4
1.97-1.998.30.582139710.9480.2110.6211.70399.3
1.99-2.018.30.537139910.9510.1950.5731.72599.4
2.01-2.048.30.487139700.960.1770.5191.75999.4
2.04-2.068.30.443140290.9630.1610.4721.77399.4
2.06-2.088.30.392139720.9690.1430.4181.82399.5
2.08-2.118.30.366140100.970.1330.391.83199.5
2.11-2.148.30.339140100.9740.1230.3621.82599.6
2.14-2.168.30.301140320.9780.110.3211.85999.5
2.16-2.198.40.267140200.9820.0970.2841.86999.6
2.19-2.228.40.245140170.9830.090.2621.84499.6
2.22-2.268.40.214140510.9860.0780.2291.82799.6
2.26-2.298.40.19140690.9880.0690.2021.75699.6
2.29-2.338.50.172140120.9910.0630.1831.72599.6
2.33-2.378.50.155141080.9920.0560.1651.68499.7
2.37-2.418.50.14140550.9930.0510.1491.65599.8
2.41-2.468.50.125140710.9940.0450.1331.61499.8
2.46-2.518.60.115141130.9950.0420.1221.61399.8
2.51-2.578.60.106141260.9950.0380.1131.62499.8
2.57-2.638.70.101140910.9950.0370.1081.68599.9
2.63-2.698.70.098141560.9950.0360.1051.82899.9
2.69-2.7620.30.231141070.9960.0520.2371.799100
2.76-2.8421.60.209141480.9960.0460.2141.886100
2.84-2.9421.80.183141990.9970.040.1871.89100
2.94-3.0422.30.159141830.9970.0350.1631.87100
3.04-3.1622.90.138142030.9980.030.1411.818100
3.16-3.3123.40.117141870.9980.0250.1191.751100
3.31-3.4823.80.1142780.9990.0210.1021.754100
3.48-3.723.90.093142200.9980.020.0951.986100
3.7-3.9922.80.084142660.9980.0180.0862.05100
3.99-4.3921.30.065143080.9990.0150.0671.615100
4.39-5.0220.30.061143630.9980.0150.0631.585100
5.02-6.3321.60.068144710.9990.0150.0691.762100
6.33-20018.70.049148080.9990.0130.0511.44799.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0048精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B1A
解像度: 1.85→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.761 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1892 28369 5 %RANDOM
Rwork0.1631 ---
obs0.1645 535551 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.63 Å2 / Biso mean: 45.307 Å2 / Biso min: 21.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--3.05 Å20 Å2
3----3.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28506 0 2831 1665 33002
Biso mean--70.96 48.39 -
残基数----3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.02333071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6232.03644564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35853704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00422.9741254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.402154876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.99315130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.210.24694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02223809
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A4644LOOSE POSITIONAL0.225
1A4644LOOSE THERMAL2.110
2B1868LOOSE POSITIONAL0.355
2B1868LOOSE THERMAL4.510
3C2708LOOSE POSITIONAL0.475
3C2708LOOSE THERMAL3.0310
4D1184LOOSE POSITIONAL0.985
4D1184LOOSE THERMAL8.2210
5E852LOOSE POSITIONAL0.365
5E852LOOSE THERMAL2.9310
6F749LOOSE POSITIONAL0.675
6F749LOOSE THERMAL3.9710
7G664LOOSE POSITIONAL0.485
7G664LOOSE THERMAL3.4410
8H662LOOSE POSITIONAL0.475
8H662LOOSE THERMAL3.8710
9I601LOOSE POSITIONAL0.665
9I601LOOSE THERMAL5.2610
10J451LOOSE POSITIONAL0.645
10J451LOOSE THERMAL2.7310
11K377LOOSE POSITIONAL0.245
11K377LOOSE THERMAL2.9610
12L382LOOSE POSITIONAL0.455
12L382LOOSE THERMAL2.9910
13M335LOOSE POSITIONAL0.75
13M335LOOSE THERMAL4.2710
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1966 -
Rwork0.252 38080 -
all-40046 -
obs--96.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2445-0.0055-0.07870.1313-0.00560.270.01280.03350.02920.00660.00660.0089-0.0169-0.0403-0.01940.04760.0093-0.01170.00920.00470.019664.706309.861198.098
20.29520.05120.04910.1712-0.00090.3410.02190.0683-0.07490.0280.0162-0.104-0.02710.0734-0.0380.0332-0.0066-0.00550.0299-0.03360.1232126.5028314.8862194.4798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 514
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 607
3X-RAY DIFFRACTION1A608 - 610
4X-RAY DIFFRACTION1B301
5X-RAY DIFFRACTION1C301
6X-RAY DIFFRACTION1D201
7X-RAY DIFFRACTION1M101
8X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
9X-RAY DIFFRACTION1B302 - 303
10X-RAY DIFFRACTION1C3 - 261
11X-RAY DIFFRACTION1C302 - 309
12X-RAY DIFFRACTION1N601
13X-RAY DIFFRACTION1T101
14X-RAY DIFFRACTION1D4 - 147
15X-RAY DIFFRACTION1E5 - 109
16X-RAY DIFFRACTION1F1 - 98
17X-RAY DIFFRACTION1F101
18X-RAY DIFFRACTION1G1 - 84
19X-RAY DIFFRACTION1H7 - 85
20X-RAY DIFFRACTION1I1 - 73
21X-RAY DIFFRACTION1J1 - 58
22X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
23X-RAY DIFFRACTION1L2 - 47
24X-RAY DIFFRACTION1M1 - 43
25X-RAY DIFFRACTION1A702 - 932
26X-RAY DIFFRACTION1B402 - 534
27X-RAY DIFFRACTION1C402 - 499
28X-RAY DIFFRACTION1D301 - 410
29X-RAY DIFFRACTION1E302 - 385
30X-RAY DIFFRACTION1F201 - 278
31X-RAY DIFFRACTION1G201 - 251
32X-RAY DIFFRACTION1H202 - 243
33X-RAY DIFFRACTION1I101 - 125
34X-RAY DIFFRACTION1J202 - 227
35X-RAY DIFFRACTION1K101 - 120
36X-RAY DIFFRACTION1L201 - 229
37X-RAY DIFFRACTION1M201 - 227
38X-RAY DIFFRACTION1N703 - 916
39X-RAY DIFFRACTION1O402 - 513
40X-RAY DIFFRACTION1P402 - 487
41X-RAY DIFFRACTION1Q301 - 323
42X-RAY DIFFRACTION1R302 - 330
43X-RAY DIFFRACTION1S205 - 252
44X-RAY DIFFRACTION1T201 - 237
45X-RAY DIFFRACTION1U205 - 229
46X-RAY DIFFRACTION1V201 - 213
47X-RAY DIFFRACTION1W206 - 211
48X-RAY DIFFRACTION1X102
49X-RAY DIFFRACTION1Y203 - 213
50X-RAY DIFFRACTION1Z204 - 212
51X-RAY DIFFRACTION1C310 - 311
52X-RAY DIFFRACTION1L102
53X-RAY DIFFRACTION1P308 - 309
54X-RAY DIFFRACTION2N1 - 514
55X-RAY DIFFRACTION2N602 - 608
56X-RAY DIFFRACTION2G101
57X-RAY DIFFRACTION2N609 - 610
58X-RAY DIFFRACTION2P301
59X-RAY DIFFRACTION2Q201
60X-RAY DIFFRACTION2Z101 - 102
61X-RAY DIFFRACTION2O1 - 227
62X-RAY DIFFRACTION2O301 - 302
63X-RAY DIFFRACTION2P3 - 261
64X-RAY DIFFRACTION2G102 - 103
65X-RAY DIFFRACTION2P303 - 307
66X-RAY DIFFRACTION2T102 - 103
67X-RAY DIFFRACTION2Q4 - 147
68X-RAY DIFFRACTION2R5 - 109
69X-RAY DIFFRACTION2S1 - 98
70X-RAY DIFFRACTION2S101
71X-RAY DIFFRACTION2T1 - 84
72X-RAY DIFFRACTION2U7 - 85
73X-RAY DIFFRACTION2V1 - 73
74X-RAY DIFFRACTION2W1 - 58
75X-RAY DIFFRACTION2X6 - 54
76X-RAY DIFFRACTION2Y2 - 47
77X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 43

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る