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- PDB-5z44: Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 complexed with GSPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z44
タイトルCrystal structure of prenyltransferase AmbP1 complexed with GSPP
要素AmbP1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / AmbP1 / indole (インドール)
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / 代謝 / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / AmbP1
機能・相同性情報
生物種Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.458 Å
データ登録者Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Abe, I.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Molecular Insight into the Mg2+-Dependent Allosteric Control of Indole Prenylation by Aromatic Prenyltransferase AmbP1
著者: Awakawa, T. / Mori, T. / Nakashima, Y. / Zhai, R. / Wong, C.P. / Hillwig, M.L. / Liu, X. / Abe, I.
履歴
登録2018年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AmbP1
B: AmbP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0196
ポリマ－70,3092
非ポリマー7094
水73941
1
A: AmbP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5093
ポリマ－35,1551
非ポリマー3552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
2
B: AmbP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5093
ポリマ－35,1551
非ポリマー3552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.717, 115.717, 48.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 AmbP1 / Aromatic prenyltransferase / Orf2-1-related aromatic prenyltransferase


分子量: 35154.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
遺伝子: ambP1, famD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5TDZ4
#2: 化合物 ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O6P2S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM MES (pH6.5), 0.2M MgCl2, 22% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.458→48.4 Å / Num. obs: 23647 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.46→2.56 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2713 / CC1/2: 0.867 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z43

5z43


解像度: 2.458→44.676 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1986 8.41 %
Rwork0.1855 --
obs0.1905 23619 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.458→44.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4676 0 40 41 4757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9686582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0921766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4577-2.51920.40791430.28831551X-RAY DIFFRACTION99
2.5192-2.58730.37081400.26111519X-RAY DIFFRACTION100
2.5873-2.66340.29491420.24941541X-RAY DIFFRACTION100
2.6634-2.74940.31341360.22121528X-RAY DIFFRACTION99
2.7494-2.84760.27551470.20011560X-RAY DIFFRACTION100
2.8476-2.96160.25061400.20381517X-RAY DIFFRACTION100
2.9616-3.09640.28251400.20691534X-RAY DIFFRACTION100
3.0964-3.25960.27941420.20681545X-RAY DIFFRACTION100
3.2596-3.46370.24071440.18271536X-RAY DIFFRACTION100
3.4637-3.7310.22761430.18211552X-RAY DIFFRACTION99
3.731-4.10630.24261360.16921516X-RAY DIFFRACTION98
4.1063-4.69990.19941440.16161551X-RAY DIFFRACTION99
4.6999-5.91920.21531420.17511569X-RAY DIFFRACTION99
5.9192-44.68330.24531470.17141614X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.00790.7777-0.37495.7403-0.20947.0684-0.468-0.142-0.07820.02170.06170.5342-0.4177-0.81130.35620.43960.1714-0.11010.6335-0.17650.540815.6446-44.8808-0.842
26.292-2.1035-0.17481.81270.64233.8785-0.5095-0.88020.6290.58810.095-0.0193-0.7085-0.37180.36360.67290.1596-0.1150.552-0.21890.556530.606-42.98729.5945
33.59210.0698-3.02772.2959-1.80678.6797-0.098-0.10550.03610.2052-0.1146-0.1482-0.4817-0.00310.22090.3043-0.0026-0.05680.271-0.07860.458443.2848-52.6569-1.9396
45.8523-2.90620.93573.6105-0.57853.48560.03930.63760.0665-0.4594-0.19360.0902-0.1278-0.35160.14430.4059-0.04230.00120.4677-0.10420.394429.0377-51.2961-11.4628
53.26971.10750.19286.2592-0.14654.52580.31820.4232-1.0386-0.49610.22450.08781.16070.2414-0.46790.79610.1463-0.27820.4783-0.15630.7099-2.5839-37.1083-28.2243
65.5116-0.47151.21195.19751.95286.38160.09290.3463-0.1516-0.120.1185-0.07840.29360.2065-0.21050.2327-0.0129-0.02230.21680.02160.224-1.8673-15.2117-21.2261
72.8345-0.5151.61858.2552-1.83687.05220.3578-0.3633-0.81270.42420.13050.2631.14830.1639-0.4210.46460.017-0.09110.41810.08180.4778-6.7614-28.9896-12.3151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 63 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 127 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 190 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 191 through 290 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 127 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 128 through 190 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 191 through 290 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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