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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z3g | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a nucleolar pre-60S ribosome (Rpf1-TAP) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / pre-60S / pre-ribosome / protein-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snoRNA release from pre-rRNA / 有糸分裂 / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor ...snoRNA release from pre-rRNA / 有糸分裂 / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / maturation of 5.8S rRNA / proteasome binding / ribosomal subunit export from nucleus / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / translation initiation factor activity / nuclear periphery / small-subunit processome / proteasome complex / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / オートファジー / protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / 核膜 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / RNA helicase activity / rRNA binding / ヘリカーゼ / リボソーム / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Zhou, D. / Ye, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of an early precursor of large ribosomal subunit reveals a half-assembled intermediate. 著者: Dejian Zhou / Xing Zhu / Sanduo Zheng / Dan Tan / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / 要旨: Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is ...Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is established. Here, we report the structure of an early nucleolar pre-60S ribosome determined by cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution, revealing a half-assembled subunit. Domains I, II and VI of 25S/5.8S rRNA pack tightly into a native-like substructure, but domains III, IV and V are not assembled. The structure contains 12 assembly factors and 19 ribosomal proteins, many of which are required for early processing of large subunit rRNA. The Brx1-Ebp2 complex would interfere with the assembly of domains IV and V. Rpf1, Mak16, Nsa1 and Rrp1 form a cluster that consolidates the joining of domains I and II. Our structure reveals a key intermediate on the path to establishing the global architecture of 60S subunits. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z3g.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5z3g.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z3g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z3g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1267176494 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1104417410 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 4種, 4分子 DEVa
#4: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40693 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53927 |
#22: タンパク質 | 分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53136 |
#27: タンパク質 | 分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08235 |
-60S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 FGIJKLPQRSTUWcijlmn
#6: タンパク質 | 分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664 |
#9: タンパク質 | 分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02326 |
#10: タンパク質 | 分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737 |
#11: タンパク質 | 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076 |
#12: タンパク質 | 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738 |
#16: タンパク質 | 分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690 |
#17: タンパク質 | 分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105 |
#18: タンパク質 | 分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748 |
#19: タンパク質 | 分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784 |
#20: タンパク質 | 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740 |
#21: タンパク質 | 分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49 |
#23: タンパク質 | 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23 |
#29: タンパク質 | 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743 |
#31: タンパク質 | 分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061 |
#32: タンパク質 | 分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744 |
#33: タンパク質 | 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84 |
#34: タンパク質 | 分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745 |
#35: タンパク質 | 分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166 |
-タンパク質 , 9種, 9分子 HMNOXYZbd
#8: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38779 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53261 |
#14: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
#15: タンパク質 | 分子量: 35184.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38805 |
#24: タンパク質 | 分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35178 |
#25: タンパク質 | 分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03532, ヘリカーゼ |
#26: タンパク質 | 分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10962 |
#28: タンパク質 | 分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36049 |
#30: タンパク質 | 分子量: 13124.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-詳細
配列の詳細 | The author doesn't know the sequence of chain d. Therefore chain d is built as UNK and the ...The author doesn't know the sequence of chain d. Therefore chain d is built as UNK and the numbering is meaningless. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rpf1-TAP pre-60S / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 1-3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1983 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 331816 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98155 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL / 詳細: real space refinement |