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- PDB-5ysr: Ethanolamine ammonia-lyase, AdoCbl/2-amino-1-propanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ysr
タイトルEthanolamine ammonia-lyase, AdoCbl/2-amino-1-propanol
要素(Ethanolamine ammonia-lyase ...) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / Adenosylcobalamin (コバマミド) / Radical enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine ammonia-lyase / ethanolamine ammonia-lyase activity / ethanolamine ammonia-lyase complex / ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / cobalamin binding / amino acid metabolic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC), N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) / リアーゼ / ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain, C-terminal / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, domain 2 / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) ...Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC), N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) / リアーゼ / ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain, C-terminal / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, domain 2 / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) / Ethanolamine ammonia lyase large subunit (EutB) / DNA Binding (I), subunit A / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Annexin V; domain 1 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / コバラミン / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Shibata, N.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Direct Participation of a Peripheral Side Chain of a Corrin Ring in Coenzyme B12Catalysis.
著者: Shibata, N. / Sueyoshi, Y. / Higuchi, Y. / Toraya, T.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,71119
ポリマ－162,5354
非ポリマー4,17615
水11,602644
1
A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子

A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子

A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)500,13357
ポリマ－487,60412
非ポリマー12,52945
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area61490 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area123920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.500, 242.500, 77.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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Ethanolamine ammonia-lyase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / / Ethanolamine ammonia-lyase alpha subunit / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit


分子量: 49447.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutB, b2441, JW2434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AEJ6, ethanolamine ammonia-lyase
#2: タンパク質 Ethanolamine ammonia-lyase light chain / / Ethanolamine ammonia-lyase beta subunit / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit


分子量: 31819.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutC, b2440, JW2433 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19636, ethanolamine ammonia-lyase

-
非ポリマー , 4種, 659分子

#3: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン / デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN / コバラミン


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% (w/v) PEG 6000, 0.1M ammonium chloride, 0.05M Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.75
反射解像度: 2.05→48 Å / Num. obs: 161685 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 11915 / CC1/2: 0.503 / Rrim(I) all: 0.764 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ABR

3abr


解像度: 2.05→48 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.53 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 8084 5.24 %
Rwork0.2227 --
obs0.2451 161685 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10749 0 284 644 11677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07115413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9696896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.08540.32347520.289614154X-RAY DIFFRACTION89
2.0854-2.12330.32476940.292814201X-RAY DIFFRACTION90
2.1233-2.16410.30137000.284714258X-RAY DIFFRACTION90
2.1641-2.20830.31788310.282414197X-RAY DIFFRACTION89
2.2083-2.25630.30247390.27814199X-RAY DIFFRACTION90
2.2563-2.30880.30297120.276214386X-RAY DIFFRACTION90
2.3088-2.36650.30237640.271614197X-RAY DIFFRACTION90
2.3665-2.43050.30887070.265414456X-RAY DIFFRACTION90
2.4305-2.50190.28637730.261814291X-RAY DIFFRACTION90
2.5019-2.58270.29247480.253514356X-RAY DIFFRACTION90
2.5827-2.67490.28197600.252314352X-RAY DIFFRACTION90
2.6749-2.7820.27437810.244514358X-RAY DIFFRACTION90
2.782-2.90850.28257570.245114408X-RAY DIFFRACTION91
2.9085-3.06170.28817800.241914466X-RAY DIFFRACTION91
3.0617-3.25340.28057760.239514444X-RAY DIFFRACTION91
3.2534-3.50430.2717500.238614491X-RAY DIFFRACTION91
3.5043-3.85650.26127720.234714515X-RAY DIFFRACTION91
3.8565-4.41340.24287940.220114490X-RAY DIFFRACTION91
4.4134-5.55580.23467500.211114569X-RAY DIFFRACTION92
5.5558-32.51040.26488370.228414571X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 94.56 Å / Origin y: -98.8337 Å / Origin z: -26.8922 Å
111213212223313233
T0.1168 Å2-0.0691 Å20.0154 Å2-0.1495 Å20.0376 Å2--0.2407 Å2
L0.5722 °2-0.2679 °2-0.0155 °2-0.4711 °2-0.0026 °2--0.2878 °2
S-0.0074 Å °-0.0442 Å °-0.2458 Å °0.0493 Å °0.025 Å °0.2243 Å °0.1066 Å °-0.0771 Å °0.0113 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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