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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ypr | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of PSD-95 SH3-GK domain in complex with a synthesized inhibitor | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / GK MAGUK inhibitor designed peptide | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / receptor localization to synapse / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior ...RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / receptor localization to synapse / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / structural constituent of postsynaptic density / synaptic vesicle maturation / proximal dendrite / AMPA glutamate receptor clustering / cerebellar mossy fiber / protein localization to synapse / cellular response to potassium ion / vocalization behavior / LGI-ADAM interactions / neuron spine / Trafficking of AMPA receptors / 樹状突起 / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / juxtaparanode region of axon / neuron projection terminus / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / frizzled binding / dendritic spine organization / acetylcholine receptor binding / positive regulation of synapse assembly / RAF/MAP kinase cascade / Synaptic adhesion-like molecules / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of dendrite morphogenesis / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / locomotory exploration behavior / cortical cytoskeleton / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / AMPA glutamate receptor complex / kinesin binding / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / D1 dopamine receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / PDZ domain binding / cell periphery / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / establishment of protein localization / 細胞接着 / cerebral cortex development / kinase binding / cell-cell junction / シナプス小胞 / 細胞結合 / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / postsynapse / scaffold protein binding / basolateral plasma membrane / protein-containing complex assembly / protein phosphatase binding / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / signaling receptor binding / 樹状突起 / glutamatergic synapse / シナプス / protein-containing complex binding / protein kinase binding / 小胞体 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.349 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhu, J. / Zhou, Q. / Shang, Y. / Weng, Z. / Zhu, R. / Zhang, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 香港, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017 タイトル: Synaptic Targeting and Function of SAPAPs Mediated by Phosphorylation-Dependent Binding to PSD-95 MAGUKs. 著者: Zhu, J. / Zhou, Q. / Shang, Y. / Li, H. / Peng, M. / Ke, X. / Weng, Z. / Zhang, R. / Huang, X. / Li, S.S.C. / Feng, G. / Lu, Y. / Zhang, M. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ypr.cif.gz | 72.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ypr.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ypr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/5ypr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/5ypr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36835.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg4, Dlgh4, Psd95 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31016 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2056.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M tris pH 8.0, 35% tert-Butanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.349→50 Å / Num. obs: 19033 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 16.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KJW 解像度: 2.349→38.46 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.349→38.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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